水产学报 , 2017, 41(3):321-. doi:10.11964/jfc.20160410359
摘要:核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1 (ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长的为眼斑豹鳎(585 bp)。碱基分析显示ITS1序列在5种鳎科鱼类中都呈现出相同的趋势:C>G>A>T,且GC含量为69.5%,远高于AT含量。聚类分析显示除眼斑豹鳎外,所有鳎类均单独聚为一支,种类区分度非常明显,表明ITS1序列能够作为种类鉴定的分子标记。但是眼斑豹鳎的一个克隆和东方箬鳎聚为一支,这种序列多态性对种类鉴定产生了干扰,因此用具有多态的ITS1序列作为分子标记时一定要有足够的克隆数量,避免因数据不充分而得到不正确的结论。
水生生物学报 , 2018, 42(1):99-. doi:10.7541/2018.013
摘要:为明确浙江近海鲵属鱼类物种组成, 对采自舟山和温州近海共计411尾鲵鱼样品进行形态学测定, 并基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因片段探讨其序列差异及系统发育关系。结果显示: 浙江近海的鲵属鱼类为少鳞鲵和中国鲵, 两种鲵鱼形态特征鲜明, 鱼鳔形态差异明显。所测得的少鳞鲵和中国鲵COⅠ基因片段长度均为600 bp, 平均GC含量分别为46.6%和49.9%。依据Kimura-2-parameter模型(K2P), 少鳞鲵和中国鲵的种内平均遗传距离分别为0.002和0.000, 两种间平均遗传距离为0.211。采用邻接法构建的系统发育树显示, 中国鲵先和邵氏鲵聚为一支, 然后与少鳞鲵聚为一支, 再与其他鲵属鱼类聚类。研究结果明确了浙江沿海鲵属鱼类的物种组成, 并为探讨少鳞鲵和中国鲵的系统发育关系及基于COⅠ基因的鲵属鱼类物种鉴定提供了参考。
南方水产科学 , 2006, 2(1):18-. doi:
摘要:采用RAPD分子标记技术对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、黑珠母贝、白珠母贝、合浦珠母贝、长耳珠母贝和珍珠贝属的企鹅珍珠贝的基因组DNA的特异性遗传标记进行分析.从21个OPM和S系列中筛选出4个引物,共扩增出57个位点,每条引物平均产生14.3个位点.扩增片段大小在250~2 000 bp间,平均每种贝每条引物产生4.9条带.其中引物S10对7种珍珠贝的RAPD产物呈现出物种的特异性,可同时将7种珍珠贝分开,其余引物可以将2种或2种以上的珍珠贝区别开来.引物S10可以作为种间鉴定的标记.
水生生物学报 , 2017, 41(2):321-. doi:10.7541/2017.39
摘要:为区分黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco Richardson)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli Richardson)及其杂交种,前期研究构建了一个YY超雄黄颡鱼的BAC文库并筛选到了一个包含性别连锁标记Pf62-Y的BAC克隆。研究对该BAC克隆进行测序并鉴定到了一个新基因Inad-like,而且Inad-like的外显子序列在X和Y染色体上基本一致。通过黄颡鱼Inad-like的外显子序列及序列的保守性我们设计引物在瓦氏黄颡鱼中扩增获得了其部分内含子序列。通过内含子序列比对,发现瓦氏黄颡鱼比黄颡鱼少了一个DNA片段。基于黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼的显著遗传差异,设计了一对引物,该引物在黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼基因组中分别扩增出1908和1178 bp DNA片段,而且在杂交黄颡鱼中同时扩增出这两个DNA片段。总之,这个新的遗传标记提供了一种稳定、高效识别黄颡鱼及其与瓦氏黄颡鱼杂交种的方法。
水产学报 , 2017, 41(10):1533-. doi:10.11964/jfc.20160310329
摘要:采用分子生物学手段与传统观测手段相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域捕获的201尾皮氏叫姑鱼进行了胃含物分析。解剖后发现其空胃率较高,传统的观测方法仅获得口虾蛄、日本鼓虾、沙蚕、日本蟳幼体4种胃含物,所获得的胃含物中存在大量不可辨认的虾类、蟹类。针对不可辨认的食物糜提取组织DNA,选用线粒体基因细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome oxidase subunit Ⅰ,COⅠ)作为分子标记,在GenBank中进行比对分析,并利用MEGA 6.0构建NJ系统进化树,结果鉴定出中华管鞭虾、鲜明鼓虾、巨指长臂虾、日本鼓虾、中国毛虾、褐菖鲉、日本鳀等10种胃含物种类,实验中所获得的基因序列在GenBank中的相似度达到97%以上。通过对不可辨认糜的鉴定,在较大程度上解决了对食物团中不可辨认成分鉴定的困惑;同时,发现了新的摄食对象,了解到更加多样的皮氏叫姑鱼的摄食种类信息。因此,DNA条形码技术在不可辨认饵料生物鉴定中的应用价值应得到重视。
南方水产科学 , 2005, 1(4):6-. doi:
摘要:对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS 2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600 bp左右,测序结果表明,ITS 2长211~254 bp,两端的5.8S和28S分别长84 bp和272 bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS 2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS 2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。
水生生物学报 , 2016, 40(6):1208-. doi:10.7541/2016.157
摘要:研究描述了解放眉足蟹和日本冠鞭蟹的形态特征,并基于线粒体COⅠ基因片段分析了解放眉足蟹和日本冠鞭蟹的遗传多样性现状。解放眉足蟹的主要形态特征为体白色,甲壳呈琵琶形,背部中线隆起,表面较光滑,步足扁平,指节弯曲明显;日本冠鞭蟹的主要形态特征为体红褐色,甲壳呈卵形,头胸甲长大于甲宽,有许多白色斑点,步足简化成铲,上有刚毛。在长度为659 bp的线粒体COⅠ基因片段上,解放眉足蟹20个个体共检测到15个单倍型,平均GC含量为33.26%,单倍型多样度为0.9421,核苷酸多样度为0.0059;日本冠鞭蟹20个个体共检测到15个单倍型,平均GC含量为47.65%,单倍型多样度为0.9415,核苷酸多样度为0.0061。基于K-2P模型计算得到解放眉足蟹和日本冠鞭蟹种间遗传距离为0.2705,解放眉足蟹个体间平均遗传距离为0.006,日本冠鞭蟹个体间平均遗传距离为0.006,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。以Emerita emeritus为外群构建系统树,不同蝉蟹分别形成各自独立的分支,表明COⅠ基因可以作为蝉蟹DNA条形码辅助分类。
南方水产科学 , 2007, 3(1):37-. doi:
摘要:从NCBI分子生物学数据库下载鲷科鱼类10属12种共24条Cyt b序列,通过序列比对最终获得1 070 bp的共有序列。其中,共检测到675个单态位点,393个变异位点,2个未知位点,没有检测到插入缺失。每个种具有的种特征性位点数为4到24个不等,平均约为12.42个。种间遗传距离分布范围为0.105±0.010(SE)到0.220±0.017(SE),均值为0.180±0.0231(SD),而种内遗传距离要小于或等于0.018±0.004(SE),均值为0.007±0.006(SD),因此,种间遗传距离要远远大于种内遗传距离。系统发育分析发现,来源于同一种内的2条序列都被聚为一个类群。以上分析显示不同鲷科种类能够通过Cyt b序列较好的进行区分,据此提出,当2个鲷科鱼类个体基于以上Cyt b序列计算得到的遗传距离如小于0.018时可以初步判断属于同一种,大于0.105则为不同种。研究为鲷科鱼类的分子种类鉴定提供了部分基础资料。