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炔诺酮短期暴露对海洋青鳉仔鱼的毒性效应

董忠典 , 宦章 , 黎学友 , 陈月碧 , 张宁 , 郭昱嵩 , 王中铎 , 梁燕秋

广东海洋大学学报 , 2022, 42(6):65-. doi:10.3969/j.issn.1673-9159.2022.06.009

摘要：【目的】研究低浓度炔诺酮（Norethisterone，NET）短期暴露对海洋青鳉（Oryzias melastigma）仔鱼的毒性效应。【方法】海洋青鳉仔鱼在8.96 ng/L的NET暴露10 d，分析仔鱼游泳行为，氧化-抗氧化相关酶活性，性激素、甲状腺激素水平，以及基因转录模式；NET处理后仔鱼在人工海水中饲养至5月龄，统计性别比例。【结果】NET短期暴露后，海洋青鳉仔鱼的游泳行为有显著的抑制效应，仔鱼在静止状态的时间减少，处于小运动和大运动状态的时间极显著增加（P < 0.01）；丙二醛（MDA）、过氧化氢酶（CAT）、谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-PX）和超氧化物歧化酶（SOD）的活性变化不显著（P > 0.05）；仔鱼雌二醇（E2）水平显著降低（P < 0.05），睾酮（T）水平极显著提升（P < 0.01），群体中雌雄比例无影响；132个基因的转录模式发生改变，主要涉及节律调节、物质代谢和免疫等生物学过程。【结论】海洋青鳉在低浓度NET环境短期暴露可引起仔鱼游泳行为、激素水平及基因转录模式的变化；海洋环境残留的NET对鱼类健康有潜在风险，进而破坏海洋渔业资源。

关键词：海洋青鳉 , 仔鱼 , 炔诺酮 , 毒性 , 行为 , 抗氧化酶 , 性激素 , 甲状腺激素 , 转录组

藤壶幼虫附着的分子机理研究进展：转录组和蛋白质组

黄敬亮 , 刘欢 , 李伟华

水产学报 , 2022, 46(9):1743-. doi:10.11964/jfc.20210312718

摘要：藤壶是一种重要的海洋污损生物，其在海洋工程设备表面的附着严重地影响着设备的使用，造成巨大的经济损失。发展环境友好的藤壶防除技术离不开对藤壶附着机理的深刻理解，而目前对于藤壶附着变态过程的调控机理尚未研究清楚。藤壶幼虫的附着涉及幼虫的生长发育、基底的探索、变态过程以及藤壶胶的分泌等多个复杂过程，传统的细胞生物学和分子生物学方法难以对这些过程进行详尽地分析。近年来，基于高通量测序技术的转录组学和蛋白质组学成为研究污损生物附着过程的重要手段，在揭示藤壶幼虫附着机理方面积累了大量的数据。本文综述了近年来国内外对于藤壶附着机理的研究，总结了利用组学方法研究藤壶幼虫的附着和变态过程、藤壶胶的成分和固化机理方面的研究进展，对未来防污技术的研究方向提出建议。

关键词：藤壶幼虫 , 污损生物 , 信号转导通路 , 藤壶胶 , 转录组 , 蛋白质组 , 防污技术

大竹蛏高通量转录组测序数据组装和分析

聂鸿涛 , 姜力文 , 郑梦鸽 , 李东东 , 闫喜武

大连海洋大学学报 , 2017, 32(6):658-. doi:10.16535/j.cnki.dlhyxb.2017.06.004

摘要：为进一步开发大竹蛏Solen grandis的基因资源，采用2代Illumina Hi-seq测序技术对大竹蛏的鳃组织进行了转录组测序，构建了转录组数据库，获得338 483 476条Clean Reads数据；拼接组装后获得190 856条Unigene数据，平均长度为1147 bp；与NR、NT、KO、SwissProt、PFAM、GO、KOG等数据库进行Blast信息比对（E-value为10^-5），共获得63 337个注释基因；与NR数据库比对发现，大竹蛏转录组基因序列与长牡蛎Crassostrea gigas具有较高的同源性，为53.3%；将大竹蛏转录组的Unigene的功能通过与KOG数据库进行注释比对划分为25类；GO数据库注释可分为三类，即细胞组分、生物过程和分子功能，共包括65个分支；KEGG分析发现，大竹蛏转录组数据中按照代谢通路可分为92类，利用Blast蛋白库比对和Estscan软件进行ORF预测，获得长度大于300 nt的ORF共50 681个；通过SSR分析，共获得73 089个SSR标记。本研究中获得的转录组信息可为今后进行大竹蛏分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。

关键词：大竹蛏 , 转录组 , 高通量测序 , 生物信息学分析

杂交石斑鱼和母本褐点石斑鱼转录组测序及差异表达基因分析

林明德 , 陈刚 , 马骞 , 王忠良 , 张健东 , 谢瑞涛 , 汤保贵 , 黄建盛 , 周晖 , 施钢 , 潘传豪 , ERIC Amenyogbe , 邓文鑫

广东海洋大学学报 , 2019, 39(3):15-. doi:10.3969/j.issn.1673-9159.2019.03.003

摘要：[目的]筛选褐点石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus）及其杂交子一代（E.fuscoguttatus♀×E.polyphekadion♂，F1）的差异表达基因，探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。[方法]采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序，通过edgeR软件包筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行GO（Gene Ontology）功能注释和KOG注释，最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。[结果]测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释，共获得20 234条差异表达基因，其中有10 218条上调，10 016条下调。GO功能注释显示共34 061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别，其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现，42 753 unigenes被注释到25个功能类别中，其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰，蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因，如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等，这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼，与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。[结论]研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装，获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息，同时筛选了一批生长相关差异表达基因，这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼，与现实生长性状相符。

关键词：褐点石斑鱼 , 杂交石斑鱼 , 转录组测序 , 比较分析 , 生长相关基因

三疣梭子蟹生长相关SNP位点的鉴定

张德宁 , 吕建建 , 刘萍 , 冯艳艳 , 高保全 , 李健

中国水产科学 , 2015, 22(3):393-. doi:10.3724/SP.J.1118.2015.14361

摘要：为了发掘三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）与生长相关的SNP，本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据，筛选出生长相关候选基因片段19条，利用该基因序列设计引物进行PCR扩增，得到总长为17387 bp的DNA片段；通过直接测序法发现74个SNP位点，分布频率为0.43/100 bp，其中转换突变的比例为80%，颠换突变的比例为20%，转换的比例远远大于颠换，符合“transition bias”原理。C/T（G/A）突变所占比例为60%，G/T（C/A）突变占20%，A/T突变占9.33%，G/C突变占10.67%，C/T（G/A）突变所占比例最大。内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp，外显子上仅为0.17/100 bp，说明外显子上的碱基更加保守。通过飞行质谱法，在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点；通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析，发现3个SNP位点与生长性状显著相关（P<0.05），并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关（P<0.01）；一般线性模型的多元方差分析显示，comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关（P<0.01），与体长、体高2个性状为显著相关（P<0.05）；comp46623--F49位点与甲宽显著相关（P=0.05）；comp49193-R333位点与甲宽显著相关（P<0.05）。通过对SNP位点的多态性分析发现，三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度（H_o）范围为0.1628～0.8333，期望杂合度（H_e）范围为0.1896～0.5912，并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记。该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程。

关键词：三疣梭子蟹 , 生长性状 , 转录组 , SNP , 关联分析

福瑞鲤2号不同生长速率个体肌肉组织转录组分析

王兰梅 , 朱文彬 , 傅建军 , 董在杰

水产学报 , 2021, 45(1):79-. doi:10.11964/jfc.20200412229

摘要：鱼类通过选育获得优良生长性状的遗传分子机制目前尚不清楚。实验分析比较了2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉组织的转录组文库。组装后共获得392 238条测序序列(contigs)。其中可比对上斑马鱼、弓斑东方鲀、青鳉、三刺鱼、尼罗罗非鱼和松浦镜鲤的蛋白序列的比例为56.01%~77.71%。2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉转录组比较，获得749个差异表达基因，包括348个上调基因和401个下调基因。鉴定出了与肌肉生长相关关键基因，如mb、myl2b、tnni1、fhl1、lamb3和pdk2等。研究结果为后续基因功能的研究以及鱼类新品种优良生长性状的分子机制解析奠定了基础。

关键词：鲤 , 转录组 , 肌肉生长 , 差异表达基因

缺刻缘绿藻转录组测序及脂质代谢相关基因注释

陈思弘 , 周志刚

上海海洋大学学报 , 2012, 21(5):662-. doi:

摘要：为了能深入地了解缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)和脂质的代谢过程,利用Roche 454 GS FLX测序仪对该藻转录组进行高通量的焦磷酸测序。得到高质量读序(read)382 468条,占原始读序的97.14%,平均每条读序长322 bp,总大小达123 Mb。经CAP3软件拼接得到22 714条重叠群、25 621条singleton。将这些序列与公共数据库进行同源性搜索、比较、基因功能注释和分类。基于转录组中所注释的基因构建缺刻缘绿藻脂质代谢途径:脂肪酸是在叶绿体内从头合成,然后游离脂肪酸进入胞质,由内质网进行三酰甘油的合成,最后可能在油体蛋白作用下形成油滴并储在于细胞中。ArA自油酸是开始经过多个去饱和酶及延长酶的作用而产生的。油酸是由硬脂酰-ACP去饱和酶作用而形成的,而棕榈油酸是在叶绿体的糖脂上被去饱和而产生的。三酰甘油最终被分解成自由脂肪酸和丙酮酸,而长链脂肪酸是以酰基-辅酶A的形式逐级降解的。

关键词：缺刻缘绿藻 , 转录组 , 焦磷酸测序 , 脂质代谢途径

细锯脂鲤背鳍和脂鳍的发育观察和转录组比较分析

刘小玉 , 刘志伟 , 鲍宝龙

上海海洋大学学报 , 2016, 25(6):801-. doi:10.12024/jsou.20160401732

摘要：观察了细锯脂鲤脂鳍和背鳍形态和骨骼发育，在此基础上比较了脂鳍、背鳍原基和背鳍共3个组织的转录组，发现细锯脂鲤背鳍原基28 DAH（Day After Hatch，DAH）出现，30 DAH仔鱼背鳍鳍条已出现分化，35 DAH背鳍鳍条已硬骨化，脂鳍在32 DAH开始出现。背鳍原基、背鳍和脂鳍这3个组织共同表达基因有14 115条，分别占背鳍原基转录组的84.01%、背鳍的83.19%、脂鳍的84.14%，提示脂鳍发育的主要调控机制与背鳍发育较为相似。相同基因表达水平差异方面，相比脂鳍，背鳍原基和背鳍之间的基因表达模式要更为相似。发现有些与鳍发育相关的基因在背鳍和脂鳍转录组中存在差异。这些研究结果为进一步深入了解脂鳍发育奠定了基础。

关键词：细锯脂鲤 , 背鳍原基 , 背鳍 , 脂鳍 , 转录组

不同光周期条件下日本牙鲆尾部神经分泌系统转录组分析

陈阿琴 , 张影 , 陈松林 , 吕为群

水产学报 , 2016, 40(6):833-. doi:10.11964/jfc.20151010134

摘要：为发掘日本牙鲆响应光周期变化的重要功能基因,采用新一代高通量测序RNA-seq技术分析8L:16D、12L:12D和16L:8D等3个光周期条件下日本牙鲆尾部神经分泌系统(caudal neurosecretory system,CNSS)的基因表达变化。转录组测序结果显示,3个样品分别产生了5 807 622、6 147 140和6 116 872个Clean reads。分别对8L:16D、12L:12D和16L:8D条件下的文库进行两两比较,共获得200个差异表达基因。GO分类分析表明,差异表达基因属于生物学过程、细胞定位和分子功能的42个类别。KEGG Pathway显著性富集分析差异表达基因共涉及29条代谢途径,包括糖酵解/糖异生、钙离子信号转导、血管平滑肌收缩和光信号转导等通路。上述结果不仅加深了对鱼类尾部神经分泌系统功能的认识,也为进一步探索硬骨鱼类光信号转导机制提供了多方面多层次的信息。

关键词：日本牙鲆 , 尾部神经分泌系统 , 光周期 , 转录组

两种拼接方法在瓯江彩鲤转录组研究中的适用性比较

陈晓雯 , 王军 , 岳武成 , 杜金星 , 王成辉

上海海洋大学学报 , 2017, 26(5):666-. doi:10.12024/jsou.20170301971

摘要：以瓯江彩鲤（Cyprinus carpio var. color）为研究对象，探讨了目前两种常用的转录组拼接方法在鲤的不同品种/品系转录组研究上的适用性。结果表明，在转录组拼接和注释方面，基于序列比对优先策略（Cufflinks软件）拼接的转录组序列平均长度为1 545 bp，注释77 601个转录本；基于从头拼接策略（Trinity软件）拼接的转录组序列平均长度为979 bp，注释转录本数为69 406个。在基因结构和选择性剪切预测方面，Cufflinks软件所拼接的转录组，每个基因平均含有3个转录本数目，而对于Trinity版本转录组，每个基因平均含有4个转录本（P<0.001）。经比较发现Cufflinks版本转录组预测的基因结构较Trinity版本更加准确。因此，与从头拼接策略相比，序列比对优先策略所拼接的瓯江彩鲤转录本序列长度更长、注释的基因数目更多，且在基因结构和选择性剪切预测方面更为准确，适用于后续与功能基因表达相关的功能研究；相反，从头拼接策略拼接的转录组更易得到瓯江彩鲤的特异基因序列，对于后续需要利用瓯江彩鲤特异基因序列进行分子进化相关的研究非常重要。本文的研究结果为根据不同的实验目的合理地选用相应的转录组拼接方法提供了依据，也为其他鱼类转录组学研究提供了借鉴。

关键词：转录组 , 瓯江彩鲤 , 拼接方法 , 序列比对优先 , 从头拼接