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5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较

水产学报 , 2017, 41(3):321-. doi:10.11964/jfc.20160410359

摘要：核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式，但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性，表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1 (ITS1)序列是否存在多态性，并探究其能否作为种类鉴定的分子标记，本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示，眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型，表明其在基因组中遵循非协同进化方式；而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性，表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性，最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp)，最长的为眼斑豹鳎(585 bp)。碱基分析显示ITS1序列在5种鳎科鱼类中都呈现出相同的趋势：C>G>A>T，且GC含量为69.5%，远高于AT含量。聚类分析显示除眼斑豹鳎外，所有鳎类均单独聚为一支，种类区分度非常明显，表明ITS1序列能够作为种类鉴定的分子标记。但是眼斑豹鳎的一个克隆和东方箬鳎聚为一支，这种序列多态性对种类鉴定产生了干扰，因此用具有多态的ITS1序列作为分子标记时一定要有足够的克隆数量，避免因数据不充分而得到不正确的结论。

关键词：鳎科 , 内转录间隔区 , 种类鉴定 , 分子标记 , 假基因 , 非协同进化 , 聚类分析

河川沙塘鳢线粒体基因组重排机制及分子标记筛选

李强 , 刘至治 , 顾珈宁

中国水产科学 , 2015, 22(5):858-. doi:10.3724/SP.J.1118.2015.14484

摘要：采用引物步移法PCR扩增, 获得全长为16846 bp 的河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)线粒体全基因组DNA (mtDNA), 并对其基因结构、重排机制及在系统发育中的应用进行了分析。研究结果: (1)河川沙塘鳢mtDNA由37个基因和1个非编码控制区组成; 除ND6和8个tRNA外, 其他基因都编码在重链(H)上; tRNA基因因发生滑移重排(shuffling), 将经典的线粒体基因组HSL (tRNA^His-tRNA^Ser-tRNA^Leu)排列变成了SLH (tRNA^Ser-tRNA^Leu-tRNA^His)排列, 造成在tRNA^Leu与tRNA^His、ND4与tRNA^Ser之间分别插入了320 bp和42 bp的两个“匿名区”。(2)检测的112种鲈形目(Perciformes)鱼类中, 仅有13种(11.61%)发生了mtDNA基因重排现象, 而沙塘鳢属的中华沙塘鳢(O. sinensis)、平头沙塘鳢(O. platycephala)与河川沙塘鳢的基因重排位置一致, 揭示其可能是沙塘鳢属鱼类进化过程中的一个重要分子“标签”。(3)筛选得到的两个分子标记 ND4和ND5基因, 适合用于虾虎鱼亚目(Gobioidei)鱼类科阶元水平的系统发育关系的重建。

关键词：河川沙塘鳢 , 线粒体基因组 , 基因重排 , 分子标记

基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性

程起群 , 马春艳 , 缪炯 , 陆星 , 沙珍霞

大连海洋大学学报 , 2007, 22(5):387-. doi:

摘要：对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%~0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%~1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。

关键词：凤鲚 , 12SrRNA , 遗传多样性 , 分子标记

鲤抗寒性状的RAPD标记转化为SCAR标记的研究

高俊生 , 孙效文 , 梁利群

大连海洋大学学报 , 2007, 22(3):194-. doi:

摘要：以黑龙江鲤Cyprinus carpio haematopterus、荷包红鲤抗寒品系、荷包红鲤Cyprinus carpio var.、柏氏鲤Cyprinus pellegnini pellegnini以及荷包红鲤抗寒品系(父本)与柏氏鲤(母本)杂交F₂的DNA样品为材料,用300个随机引物对其进行PCR扩增,获得2个与鲤抗寒性状相关的分子标记AL04₉₈₆和AR02₇₈₈。回收、纯化这两个RAPD标记,连接到pMD18-T载体中,转化DH5琢大肠杆菌感受态细胞,并对插入片段进行测序。根据测序结果,设计了3对SCAR引物SCAL04L/SCAL04R1、SCAL04L/SCAL04R2和SCAR02L/SCAR02R,其中SCAR02L/SCAR02R这对引物可以成功的反映出杂交F₂两个群体在抗寒能力上的差异,适宜的退火温度为57℃,将此标记命名为SCAR02₇₈₈。根据AL04₉₈₆的测序结果设计的两对SCAR引物并没有反映出这种差异。SCAR02L/SCAR02R标记可以用作鲤抗寒基因分子辅助选择的依据。

关键词：鲤 , 抗寒 , RAPD标记 , SCAR标记 , 分子标记

基于AFLP标记研究长江靖江段日本鳗鲡群体遗传多样性

杨彦平 , 徐东坡 , 方弟安 , 刘凯

大连海洋大学学报 , 2018, 33(4):460-. doi:10.16535/j.cnki.dlhyxb.2018.04.007

摘要：为探索长江靖江段日本鳗鲡Anguilla japonica种群遗传结构，通过AFLP分子标记技术首次对靖江71尾日本鳗鲡的种群遗传多样性结构进行研究，筛选了9对选择性扩增引物对不同月份、不同规格的日本鳗鲡样本进行分子标记。结果表明：筛选的9对选择性扩增引物共获得216个多态位点，比例最高为98.15%，最低为91.20%，日本鳗鲡不同月份间的多态位点比例平均为95.06%，Nei's基因多样性指数平均为0.277 2，Shannon多样性指数平均为0.433 2；小规格组A组（体长＜400 mm）有效等位基因数、Nei's基因多样性指数和Shannon多样性指数均高于大规格组B组（体≥400 mm）。采用AMOVA分析组间和个体间的变异成分组成，以确定该江段日本鳗鲡的遗传结构变异来源，结果显示，本研究中80%以上的变异主要来源于个体间。研究表明，靖江段日本鳗鲡群体遗传多样性水平较高，群体间的分化程度相对较弱，个体间存在基因交流。

关键词：日本鳗鲡 , 种群遗传结构 , 遗传距离 , AMOVA , 分子标记

皱纹盘鲍SRAP反应体系的正交优化

刘明泰 , 李杨 , 刘小林 , 许淑芬 , 常亚青

大连海洋大学学报 , 2013, 28(1):12-. doi:

摘要：采用L₁₆(4⁵) 正交试验设计方法,对影响皱纹盘鲍Haliotis discus hannai SRAP反应体系的Mg²⁺ 浓度、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA以及Taq 酶活性进行了优化,建立了适用于皱纹盘鲍的SRAP反应体系。优化后的反应体系(10 μL) 包括Mg²⁺ 1.5 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.2 μmol/L,Taq 酶活性0.25 U,模板DNA 20 ng。采用不同模板和引物对体系进行验证,表明优化后的反应体系能够高效地扩增出可识别条带,为进一步应用SRAP标记对皱纹盘鲍进行遗传分析奠定了基础。

关键词：皱纹盘鲍 , SRAP , 正交试验设计 , 分子标记 , 反应体系

海洋经济贝类遗传连锁图谱研究进展

刘进 , 刘志刚 , 王辉

广东海洋大学学报 , 2014, 34(1):83-. doi:

摘要：综述近 10 年来海洋经济贝类遗传连锁图谱的研究动态, 包括建图群体的确定、分子标记的选择以及现有海洋经济贝类遗传图谱的特点, 并对 22 张典型贝类连锁图谱从标记种类、标记密度、标记覆盖率等方面进行详尽比较, 分析目前海洋经济贝类连锁图谱构建的重大突破和所面临的问题。

关键词：遗传连锁图谱 , 拟测交 , 分子标记 , 偏分离

DNA分子标记技术在坛紫菜(Pyropia haitanensis)中的应用

吴晓雯 , 王铁杆 , 刘颖 , 张鹏

渔业研究 , 2020, 42(3):281-. doi:10.14012/j.cnki.fjsc.2020.03.012

摘要：坛紫菜（Pyropia haitanensis Chang et Zheng）作为我国广泛养殖的重要经济藻类，其分子生物学研究越来越受到研究人员的关注。尤其随着现代生物技术的快速发展，分子标记技术作为一种快速检测手段，已经被广泛应用于坛紫菜研究中，为坛紫菜遗传育种提供高效和有参考价值的信息。本文介绍了主要的分子标记技术以及其在坛紫菜遗传学多样性、种质鉴定、指纹图谱构建、种群和亲缘关系方面的研究和应用，同时分析了分子标记技术在坛紫菜研究领域存在的问题，并对未来的发展进行展望。

关键词：坛紫菜 , 分子标记 , 遗传多样性 , 种质鉴定 , 指纹图谱 , 种群亲缘关系

单核苷酸多态性及其在海洋动物遗传研究中的应用

李军 , 喻子牛

南方水产科学 , 2010, 6(3):74-. doi:10.3969/j.issn.1673-2227.2010.03.014·综述·

摘要：单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及各种生物SNP数据库的不断完善,其逐渐被应用于遗传图谱的构建、群体遗传学、亲缘关系、关联分析和基因功能分析等方面。文章主要介绍了SNPs的发生、特点及常用检测方法,综述了SNPs在海洋生物遗传学中的研究进展,以期将SNPs更好地应用到海洋经济动物遗传育种中。

关键词：单核苷酸多态性 , 分子标记 , 海洋生物 , 遗传研究与应用

凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选

王艳红 , 胡超群 , 张吕平 , 夏建军 , 任春华

水产学报 , 2011, 35(7):969-. doi:10.3724/SP.J.1231.2011.17340

摘要：对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of “Expressed Sequence Tags”)的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二~六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总EST-SSR序列的80.2%; 三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条（0.7%）。大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元,共分布4 820条,占二核苷酸各重复单元的47.8%;其次是AC/GT重复,共分布3 584条,占二核苷酸各重复单元的35.4%;最后是AT/TA 和CG/GC,分别占二核苷酸各重复单元的16.6%和0.2%。通过对凡纳滨对虾EST序列中SSR位点信息的发掘分析,共设计77对微卫星引物,在10个个体中成功扩增的引物有54对,成功扩增率为70.1%。其中多态性丰富的引物28对,多态率为51.9%。等位基因数为2～5,PCR产物大小为140～600 bp。本研究筛选的EST-SSR标记将为凡纳滨对虾的分子遗传学研究、种质鉴定等提供可靠的工具。

关键词：凡纳滨对虾 , 表达序列标签 , 微卫星 , 分子标记