水产学报 , 2017, 41(4):628-. doi:10.11964/jfc.20160710487
摘要:microRNA是一种大小为18~25个核苷酸的非编码RNA,调控靶基因的转录后表达,广泛参与多种生理过程。本研究简要综述了microRNA生物学特性、转录后调控机制,详细讨论了第二代测序技术的相关应用、microRNA在鱼类中的表达模式、功能研究,包括渗透压调节、生殖、发育、生长、免疫、代谢等。现有的研究表明,miR-200和miR-30具有调控血浆离子浓度和渗透压平衡的功能;Dicer1是胚胎发育所必需的,在原肠胚时期,miR-20a调节头、眼、脊柱、体节的形态发生,miR-92调控内胚层的形成,miR-10影响体轴形成,miR-219影响头部和尾部细胞的凋亡;miR-122、miR-30、miR-145分别影响肝细胞成熟、肝胆管和肠道发育,miR-138和miR-143调控心脏发育,miR-126、miR-150、miR-451调控血小板、血细胞的发育和成熟,miR-10和miR-126影响血管生成,miR-200、miR-183分别影响嗅觉、听觉系统的发育,多个microRNA参与视网膜、肌肉、鱼鳍、肝脏等器官的再生;miR-133a/bmiR-206抑制肌肉细胞分裂,miR-214、miR-499、miR-199、miR-3906调控快肌纤维和慢肌纤维的生成;miR-430促进原始生殖细胞的生成;多个microRNA参与到禁食和再投喂调控的分解代谢和合成代谢平衡;此外,microRNA通过对免疫因子的调控参与到先天免疫、低氧适应、体色调控、应激反应、肌间刺形成等生理过程中。本研究通过对这些结果进行总结和讨论分析,将有助于对鱼类microRNA研究领域现状的了解和把握,促进鱼类非编码RNA研究的深入。
广东海洋大学学报 , 2020, 40(4):15-. doi:10.3969/j.issn.1673-9159.2020.04.003
摘要:【目的】研究凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)miRNA-184【microRNA-184(miR-184),记作LvmiR-184】在健康虾及染病虾中的表达,探讨其免疫功能。【方法】用茎环法克隆鉴定凡纳滨对虾LvmiR-184,通过荧光定量PCR检测LvmiR-184在对虾血淋巴、肝胰腺、鳃、肌肉、心脏、胃、肠和眼柄等8个组织中的分布。对凡纳滨对虾注射副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus),检测LvmiR-184不同时间点的响应变化。对感染副溶血弧菌的凡纳滨对虾分别注射0.3、3.0和30.0 ng的miR-184模拟物和抑制物,检测不同时间点对虾血细胞凋亡率。【结果与结论】LvmiR-184在所有组织中均有表达,在胃中表达量最高,其次是肌肉,鳃表达量最低。注射副溶血弧菌后1.5 h,LvmiR-184表达量显著上调;在24 h达到峰值,较对照组高8.25倍;对照组则维持在较低的水平。模拟物、抑制物注射量为30 ng时对虾血细胞凋亡率差异有统计学意义(P<0.05);与对照组凋亡率相比,注射模拟物6 h后提高62%。LvmiR-184可调控凡纳滨对虾的血细胞凋亡。
上海海洋大学学报 , 2021, 30(3):407-. doi:10.12024/jsou.20200302946
摘要:采用实时荧光定量、生物信息学、双荧光素酶报告和体内miRNA抑制的方法,探究miR-192在尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)应答碳酸盐碱度胁迫中的作用。结果如下:(1)实时荧光定量PCR实验表明,在急性碱度胁迫(6 g/L NaHCO3)尼罗罗非鱼6 h后,鳃组织中miR-192的表达显著下调,溶质转运蛋白基因(solute carriers16A7,SLC16A7)表达显著上调(P<0.05);(2)借助生物信息分析预测到SLC16A7可能是miR-192的靶基因;(3)利用双荧光素酶报告实验发现miR-192会与SLC16A7的3'UTR结合;(4)体内对miR-192抑制后,SLC16A7的表达显著上调(P<0.05)。证实了miR-192参与了尼罗罗非鱼应答碱度胁迫中的调控过程,SLC16A7是miR-192的直接靶基因,为探明miRNAs调控尼罗罗非鱼应答碱度胁迫的分子机制提供了一定的依据。
渔业科学进展 , 2023, 44(2):107-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20211228003
摘要:microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P ≤ 0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P ≤ 0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条信号通路(P ≤ 0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。
水产学报 , 2023, 47(5):059402-1-. doi:10.11964/jfc.20220713626
摘要:先天免疫是宿主识别病原及消除病原感染的第一道防线。模式识别受体是参与识别病原入侵的主要分子,主要包括Toll样受体、RIG-I样受体、NOD样受体和C型凝集素受体等。模式识别受体在识别病原相关分子模式后,激活机体的先天免疫信号通路,诱导炎症细胞因子和干扰素的产生,从而启动抵抗病原入侵的免疫应答。越来越多的证据表明,免疫应答的激活、维持和终止受到了严格的调节,使机体在保持一定免疫强度的同时避免产生过度的免疫反应。microRNA是一类长度为18~23 nt的微小非编码RNA,是鱼类先天免疫应答网络中的重要调控因子。近年来,microRNA在鱼类免疫学领域已开展了大量的研究,但缺乏对其进行及时地全面性的总结。本文综述了近年来miRNA在鱼类先天免疫反应中的研究进展,以期为鱼类的分子抗病育种及疾病防控研究提供一些思路。
水生生物学报 , 2015, 39(6):1224-. doi:10.7541/2015.159
摘要:MicroRNA作为非编码小RNA分子在转录和后转录水平调控基因表达过程中扮演重要角色,已成为当前分子生物学的研究热点之一。近期已有研究证实,一些在肌肉细胞中特异表达microRNA包括miR-1、miR-206和miR-133可能对肌肉生长和发育很关键。众所周知,肌肉不仅是机体重要结构组织和运动器官,而且还是水产畜牧产品的重要蛋白源。聚焦这些肌肉特异myomiRs在肌肉生长和发育中的功能机理研究,不仅有助于揭示某些疾病的分子机制和解决医学上基因治疗难题;同时也为畜牧水产养殖提供科学应用理论依据。综述我们概括了miR-1, miR-206和miR-133最新研究进展,这将有助于深入了解其作用于肌肉生长和发育的功能和分子机制。
上海海洋大学学报 , 2012, 21(5):671-. doi:
摘要:MicroRNA (miRNA)是真核生物中长度约为22个核苷酸的非编码小分子RNA,在基因表达调控中扮演重要角色。雌雄差异miRNA的筛选将有助于研究性腺发育的分子机制。通过分离日本文昌鱼(Branchiostoma japonicum)精巢和卵巢的小 RNA,利用miRNA芯片杂交的方法,从文昌鱼的小RNA文库中筛选出36个日本文昌鱼性腺高表达的miRNA,其中11个miRNA在文昌鱼精卵巢中呈显著差异表达。6个文昌鱼特有的miRNA (bfl-miR-92b, bfl-miR-10A06, bfl-miR-281, bfl-miR-36B03, bfl-miR-29B02和bfl-miR-26A01)在雌雄性腺中呈现差异表达,其中4个miRNA为雄性高表达,2个miRNA为雌性高表达。利用RT-qPCR验证了bfl-miR-92b,bfl-miR-10A06,bfl-miR-281和bfl-miR-36B03这4个文昌鱼特有的miRNA在精巢中的丰富表达。这些研究结果为文昌鱼雌雄差异miRNA的功能研究奠定了重要基础。
中国水产科学 , 2020, 27(6):671-. doi:10.3724/SP.J.1118.2020.19296
摘要:为了比较饲料中添加鱼油、茶籽油、亚麻籽油以及碘酸钾对中华鳖(Pelodiscus sinensis)稚鳖生长和脂类代谢的影响,本研究配制了4种油脂含量为10%的饲料,分别为鱼油料(FO,对照组)、鱼油+碘酸钾料(FO+PI,碘酸钾添加量为75 mg/kg)、茶籽油料(TO)和亚麻籽油料(LO),饲喂初重为(5.06±0.05)g的中华鳖66 d。FO+PI组和LO组中华鳖稚鳖的存活率显著低于FO组(P<0.05),FO+PI组和TO组的肝体比显著低于FO组(P<0.05)。各组中华鳖稚鳖血浆中葡萄糖、总胆固醇和甘油三酯水平无显著差异(P>0.05)。投喂FO+PI显著下调了中华鳖脂类代谢相关的甲状腺激素应答蛋白基因(THRSP)和乙酰辅酶A羧化酶A基因(ACACA)的表达水平,上调了中华鳖microRNA-23b、microRNA-107、microRNA-122和microRNA-499的表达水平(P<0.05)。TO显著下调了中华鳖酰基辅酶A氧化酶1基因(ACOX1)的表达水平,上调了microRNA-23b的表达水平(P<0.05)。FO+PI组和TO组的稚鳖肝脏细胞内脂滴空泡较少,同时TO显著影响了肠道组织的黏膜褶。结论认为,相比于鱼油组,在饲料中添加10%茶籽油、亚麻籽油和添加75 mg/kg碘酸钾不会引起稚鳖生长差异,但是亚麻籽油和碘酸钾降低了稚鳖的存活率,茶籽油和碘酸钾影响肝脏的脂类代谢。
大连海洋大学学报 , 2021, 36(2):229-. doi:10.16535/j.cnki.dlhyxb.2019-104
摘要:microRNA(简写为miRNA)是一类内源基因编码的单链RNA分子,参与转录后基因的表达调控,在血液生成过程中起着重要作用。为研究miR-30e对鱼类血液生成的作用机制,以斑马鱼Danio rerio作为模式生物,针对青藏高原裂腹鱼血液组织中高表达的miR-30e,利用生物信息软件预测斑马鱼miR-30e的靶基因,构建含斑马鱼ALAS2-3'UTR序列的双荧光素酶报告质粒与斑马鱼miR-30e进行共转染,检测细胞双荧光素酶活性的变化;同时构建含斑马鱼ALAS2-3'UTR序列的绿色荧光蛋白质粒,与miR-30e共同显微注射斑马鱼胚胎,观察GFP荧光强度与蛋白表达量的变化。结果表明:斑马鱼胚胎在注射miR-30e模拟体48 h后,其血红蛋白表达明显减少;转染miR-30e的293T细胞双荧光素酶活性显著降低(P<0.05);斑马鱼胚胎注射miR-30e模拟体24 h后,其GFP荧光强度明显降低,且GFP蛋白表达量明显减少。研究表明,ALAS2基因是miR-30e的一个靶基因, miR-30e通过抑制ALAS2表达而抑制血红细胞的生成。