水产科技情报 , 2019, 46(3):147-. doi:10.16446/j.cnki.1001-1994.2019.03.006
摘要:根据DNA条形码序列信息和形态特征,对某严重危害虾、蟹塘轮叶黑藻的"卷叶虫"种类进行了种属鉴定分析。COⅠ基因序列信息显示,该"卷叶虫"幼虫和飞蛾的序列一致性为100%,为同一物种,飞蛾为"卷叶虫"幼虫的成虫。经GenBank数据库BLAST鉴定,为Parapoynx diminutalis,中文名为小筒水螟。幼虫全身长满刚毛、具卷叶行为,飞蛾呈浅白色、长有棕色斑块,上述特征与小筒水螟一致。综合上述依据,最终鉴定该"卷叶虫"为小筒水螟。
广东海洋大学学报 , 2020, 40(1):29-. doi:10.3969/j.issn.1673-9159.2020.01.005
摘要:[目的] 了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。[方法] 对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。[结果] 无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。[结论] tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。
渔业科学进展 , 2016, 37(6):19-. doi:10.11758/yykxjz.20151203001
摘要:本研究将基于线粒体COI部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homo-dimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合。利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%,但鉴定准确率可达100%。因此,基于COI基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键。
水生生物学报 , 2021, 45(1):69-. doi:10.7541/2021.2019.156
摘要:研究旨在利用传统形态学与DNA条形码技术相结合的方法, 进一步探讨中国布氏鲾属Eubleekeria Fowler 1904鱼类的分类与鉴定问题。2014—2016年从广东湛江和广西北海、防城港和东兴近海采集了153尾鲾科鱼类样品, 经形态学鉴定为布氏鲾属种类: 琼斯氏布氏鲾Eubleekeria jonesi (James, 1971)。该种主要鉴别特征为: 眼位于口裂的水平线之上, 颊部无鳞, 两臀鳍之间区域裸露无鳞, 颈部有半圆形裸露无鳞区域, 背鳍上黑斑色淡, 略呈灰色。将其鉴别特征与相关文献记录比较, 表明之前中国大陆记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)可能为琼斯氏布氏鲾。基于线粒体COⅠ基因片段结合GenBank中布氏鲾属鱼类的同源序列, 采用邻接法构建的分子系统树显示, 此研究中采集自中国大陆的布氏鲾属鱼类标本与中国台湾记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)明显地分为两支。基于Kimura双参数模型(K2P)计算, 支系间遗传距离为0.130, 远大于支系内平均遗传距离(0.005和0.006), 支持将二者作为独立物种的观点, 与此研究传统形态学方法的结果一致。
渔业研究 , 2018, 40(5):340-. doi:10.14012/j.cnki.fjsc.2018.05.002
摘要:本研究选取2017年4月采集的厦门湾鱼卵、仔稚鱼样品进行DNA条形码分析。获得鱼卵、仔稚鱼的COI基因序列27条,共鉴定种类11种,全部鉴定到种,隶属于4目9科11属。在系统进化树的分析中,同一种类的不同个体都聚在一支,所有物种都分别聚为独立的一支,这些物种都能有效地区分开来,说明利用COI基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。同时获取11种鱼类浮游生物高清图像,并描述其甄别性的形态特征。以上结果表明,线粒体COI基因作为DNA条形码可以实现鱼卵和仔稚鱼的物种鉴定,且较多能鉴定到种的水平。
上海海洋大学学报 , 2015, 24(2):203-. doi:
摘要:DNA条形码技术是利用一段较短的DNA序列实现快速准确物种鉴定的工具,已成为近年来生物类群的研究热点,并逐步被引进到各个领域。在海洋生物群落生态学中,DNA条形码已被用于海洋生物系统分类、分子遗传多样性、种间亲缘关系、系统进化关系等研究;国外已有学者将其应用到海洋生物食性分析的研究中,国内相关文章较少。本文介绍了DNA条形码的由来、发展以及相关原理和基本实验步骤,并阐述了其优点以及局限性,分析了其在肉食性鱼类胃含物不可辨认种类鉴定中的应用价值,并展望其在未来分类学发展中的应用前景。
上海海洋大学学报 , 2018, 27(1):1-. doi:10.12024/jsou.20170301981
摘要:为了探明如东海域浒苔藻团中附着的大量鱼卵的产卵鱼种,利用DNA条形码技术对其进行了物种鉴定。鉴定结果表明:鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼(Hyporhamphus sajori)COI基因片段序列之间无变异位点出现,遗传距离为0,而与其他颌针鱼目鱼类序列间差异达10.83%~20.94%,遗传距离在21.9%~26.4%之间;NJ分子系统发育分析显示鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼聚为单系群。因此,确定该海域浒苔藻团中产卵鱼类为沙氏下鱵鱼。在此基础上探讨了浒苔藻团附着大量黏性鱼卵现象的原因及其对近海鱼类资源恢复的启示。
广东海洋大学学报 , 2016, 36(4):17-. doi:10.3969/j.issn.1673-9159.2016.04.004
摘要:采用DNA条形码技术辅以传统形态分类方法,对雷州半岛马尾藻属(Sargassum)6常见种进行物种鉴定和系统进化分析。测得6种马尾藻线粒体COI基因序列,该序列与GenBank和BOLD数据库中马尾藻序列同源性均大于或等于99%,该结果与形态分类学鉴定结果一致。COI基因序列特征分析表明,6种马尾藻保守位点421个,变异位点58个,简约信息位点21个,单一突变位点37个,变异率7.7%,T、C、A、G平均含量分别为39.1%、18.9%、19.1%、22.9%,A+T含量(58.2%)高于C+G含量(41.8%),UUU所编码的苯丙氨酸(F)使用频率最高,达12.5%,最大似然法估算的转换颠换比值为2.42,种间遗传距离多在0.030±0.013~0.100±0.016之间。聚类分析结果与形态学鉴定、同源性分析结果一致。
水产科学 , 2017, 36(4):480-. doi:10.16378/j.cnki.1003-1111.2017.04.013
摘要:对绒螯蟹属的中华绒螯蟹如东和七里海群体、日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹及狭颚绒螯蟹共80条线粒体COI片段进行扩增和测序,并与GenBank中绒螯蟹属的台湾绒螯蟹2条和近方蟹属的绒毛近方蟹19条COI 基因序列进行联配分析。结果显示,101条序列包含44种单倍型,序列组成表现明显的碱基偏倚性。中华绒螯蟹如东、七里海群体与日本绒螯蟹间的遗传距离分别为1.210%和1.078%,明显低于COI基因DNA条形码鉴别种的遗传距离为2%的阈值,表明中华绒螯蟹和日本绒螯蟹为同一物种;而合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹如东和七里海群体及与日本绒螯蟹的遗传距离分别为4.823%、5.101%以及5.011%,明显大于2%的鉴别阈值,说明合浦绒螯蟹为独立的种。以绒毛近方蟹为外群,基于群体内及群体间的遗传距离构建的邻接树显示,中华绒螯蟹与日本绒螯蟹聚在一起,合浦绒螯蟹则聚成单系。本文测序的5个群体除狭颚绒螯蟹外,其余均具有遗传多样性,单倍型多样性为0.593±0.144~0.779±0.068,核苷酸多样性为0.00156~0.01336;此外,中华绒螯蟹如东群体与日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹七里海群体分别共享单倍型H1、H2和H3,说明这些蟹类可能有种质资源混杂或是遗传污染的现象。