海洋渔业 , 2014, 36(1):16-. doi:
摘要:通过线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)和细胞色素b(Cytb)基因2个分子标记对阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)冬生群体与秋生群体的遗传变异进行了研究,并检验了冬生群体在时间上的遗传差异。结果显示,基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为11、0.535±0.066、0.002 24±0.001 59和1.243。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、0.528±0.058、0.002 65±0.001 89和1.222。2个分子标记均揭示:阿根廷滑柔鱼2个产卵群体具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。单倍型邻接树、分子方差分析(AMOVA)及两两群体间的遗传分化系数Fst均表明,阿根廷滑柔鱼2个产卵群体间的遗传差异不显著,不存在显著的群体遗传结构。此外,冬生群体在时间上的遗传差异也不显著,。可见,阿根廷滑柔鱼产卵群体间具有频繁的基因流。推测与该物种为大型洄游性种类,生命周期短,以及海洋环流有关。
水产科学 , 2017, 36(4):480-. doi:10.16378/j.cnki.1003-1111.2017.04.013
摘要:对绒螯蟹属的中华绒螯蟹如东和七里海群体、日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹及狭颚绒螯蟹共80条线粒体COI片段进行扩增和测序,并与GenBank中绒螯蟹属的台湾绒螯蟹2条和近方蟹属的绒毛近方蟹19条COI 基因序列进行联配分析。结果显示,101条序列包含44种单倍型,序列组成表现明显的碱基偏倚性。中华绒螯蟹如东、七里海群体与日本绒螯蟹间的遗传距离分别为1.210%和1.078%,明显低于COI基因DNA条形码鉴别种的遗传距离为2%的阈值,表明中华绒螯蟹和日本绒螯蟹为同一物种;而合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹如东和七里海群体及与日本绒螯蟹的遗传距离分别为4.823%、5.101%以及5.011%,明显大于2%的鉴别阈值,说明合浦绒螯蟹为独立的种。以绒毛近方蟹为外群,基于群体内及群体间的遗传距离构建的邻接树显示,中华绒螯蟹与日本绒螯蟹聚在一起,合浦绒螯蟹则聚成单系。本文测序的5个群体除狭颚绒螯蟹外,其余均具有遗传多样性,单倍型多样性为0.593±0.144~0.779±0.068,核苷酸多样性为0.00156~0.01336;此外,中华绒螯蟹如东群体与日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹七里海群体分别共享单倍型H1、H2和H3,说明这些蟹类可能有种质资源混杂或是遗传污染的现象。
渔业研究 , 2020, 42(4):324-. doi:10.14012/j.cnki.fjsc.2020.04.004
摘要:以双线紫蛤(Soletellina diphos)为研究对象,测定南日岛海区自然群体30枚个体的线粒体COI基因部分序列,研究其个体间的序列单核苷酸多态性(SNP),掌握双线紫蛤的遗传多样性;统计南日岛海域2008年4月—2018年12月期间海水样品的盐度、温度、pH、溶解氧、叶绿素a、透明度、化学需氧量、无机氮、无机磷、石油类10项理化因子检测结果,分析数据随季节月份变化状况,了解双线紫蛤栖息地水环境。结果显示,南日岛双线紫蛤群体30枚个体的序列中碱基T、C、A、G平均含量分别为41.95%、16.07%、18.53%、23.45%,(A+T)含量明显高于(G+C)含量,共发现13个核苷酸多态位点(转换/颠换偏倚率13.04),具有9个单倍型,有1个为引起亮氨酸/苯丙氨酸变化的非同义突变位点,单倍型多样性指数(Hd)为(0.598 0±0.103 0),核苷酸多样性(Pi)为(0.002 9±0.000 6),平均核苷酸变异数(k)为1.912 6,表现出略高于标准值的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,个体间的遗传距离为0~0.009 2、平均值为(0.002 9±0.001 0),Tajima's D和Fu's Fs中性检验的结果均为不显著负值,说明这个群体的双线紫蛤遗传相对稳定。南日岛产区水环境月均盐度变化范围为26.84~34.33、温度变化范围为13.27~29.33℃、pH变化范围为7.89~8.54、溶解氧变化范围为5.64 ~9.31 mg/L、叶绿素a变化范围为0.33 ~15.57 μg/L、透明度变化范围为0.40 ~1.79 m、化学需氧量变化范围为0.22 ~1.59 mg/L、无机氮变化范围为0.04 ~0.45 mg/L、无机磷变化范围为0~0.16 mg/L、石油类变化范围为0 ~0.20 mg/L,盐度、温度在各年春、夏、秋三季变化皆先升后降,夏季最高;pH、溶解氧则在春、夏两季波动呈下降;而无机氮在春、夏、秋季趋势为先降后升,夏季最低;除了化学需氧量和石油类以外,其余参数的周年变动均表现出一定的季节性差异规律,同时表明双线紫蛤在以上的理化条件下都可以进行生长繁殖。
大连海洋大学学报 , 2013, 28(5):431-. doi:
摘要:对中国帘蛤目主要经济贝类的分子系统发育进行了研究,应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海帘蛤目经济贝类共计60个个体的COI基因片段,与GenBank收录的10种帘蛤目贝类50条同源序列进行比对。结果表明:帘蛤目贝类COI基因存在碱基插入和缺失现象,在16个物种中有6个物种存在103个插入和缺失位点,其中杂色蛤仔Ruditapes variegata、裂纹哥特蛤Katelysia hiantina插入和缺失位点均为30个,大竹蛏Solen grandis为27个;碱基的组成出现偏倚现象,A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%);基于K2P模型的计算,16个物种的种内平均遗传距离为0.0106,种间平均遗传距离为0.3884,后者是前者的21.34倍;系统发育树聚类分析表明,COI基因在科、属、种水平上的鉴定及其系统进化关系重构方面与传统的形态学分类一致性较高。研究表明,线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要补充。
中国水产科学 , 2011, 18(2):245-. doi:10.3724/SP.J.1118.2011.00245
摘要:应用 DNA条形码通用引物扩增了 11种中国近海习见头足类 (Cephalopoda)共计 97个个体的线粒体细胞色素 C氧化酶亚基 I(Cytochrome Coxidase I, COI)基因片段 , 与 GenBank收录的 19种 95条头足类同源序列进行比对。结果表明 , 头足类 COI基因存在碱基插入缺失现象 , 杜氏枪乌贼 (Uroteuthis duvauceli)插入缺失位点数多达 33个; 碱基组成偏倚明显 , A+T含量(66.70%)显著高于 G+C (33.30%)含量。基于 Kimura双参数模型计算 , 29个物种的种内平均遗传距离为 0.007 2, 种间平均遗传距离 (0.202 4)是种内遗传距离的 28.11倍。针对剑尖枪乌贼 (Loligo edulis, Uroteuthis edulis, Photololigo edulis)分类和命名的分歧 , DNA条形码分类结果显示 , 该物种与枪乌贼属 (Loligo)和尾枪乌贼属 (Uroteuthis)的 COI基因同源性较低 , 不支持将其划归到 Loligo或 Uroteuthis。近爱尔斗蛸属 (Pareledone)6个代表物种的种间遗传距离较小 (0.012 0~0.038 5), 对于此类变异程度较低的物种 , DNA条形码仍可准确区分 , 但其种间遗传距离的阈值尚待深入探讨。系统发育树的聚类分析结果表明 , COI基因在种、属水平的分类鉴定及其系统进化关系与传统方法所得结果一致性较高 , 分别为 100%、91.67%; 科、目水平的一致性略低 , 分别为 80%和 66.67%。可见, 线粒体 COI基因作为头足类 DNA条形码在物种鉴定中适用性较高 , 亦适用于种属水平的系统进化分析, 是形态学分类系统的必要补充和佐证。 [中国水产科学 , 2011, 18(2): 245.255]
广东海洋大学学报 , 2016, 36(1):7-. doi:10.3969/j.issn.1673-9159.2016.01.002
摘要:获得雷州半岛红树林海区5种虾虎鱼稚幼鱼的45条线粒体COI基因序列,其T、C、A、G碱基平均含量分别为29.9%、28.4%、23.9%、17.8%。45条序列共定义23个单倍型,其中检测到变异位点184个,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)单倍型比例最高(80.0%),湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)单倍型比例最低(18.2%)。Kimura 2-parameter遗传距离显示,种间遗传距离为0.1376~0.2635,种内遗传距离为0.0000~0.0208。NJ进化树及ML进化树均表明,聚为5大支系的虾虎鱼类中,阿部氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius abei)与诸氏鲻虾虎鱼(M. chulae)亲缘关系最近,湖栖鳍虾虎鱼与其他4种虾虎鱼的亲缘关系稍远。基于群体内等位基因频率分布的中性检验结果表明,双带缟虾虎鱼(Tridentiger bifasciatus)、小口拟虾虎鱼(Pseudogobius masago)、阿部氏鲻虾虎鱼、诸氏鲻虾虎鱼4个群体存在大量低频等位基因位点,而湖栖鳍虾虎鱼群体以中等频率等位基因为主。