大连海洋大学学报 , 2013, 28(3):247-. doi:
摘要:利用来源于细菌人工染色体文库(Bacterial artificial chromosome, BAC)的164个微卫星标记分析了镜鲤Cyprinus carpio L.家系遗传多样性及标记与体质量、体长、体高、体厚4个性状间的相关性。结果表明:镜鲤家系68个个体在164个微卫星位点上共扩增出402条条带,观察杂合度(Ho)为0.220 6~1.000 0,平均为0.62,多态性信息含量(PIC)为0.243 9~0.702 8,平均为0.42,总体表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),遗传多样性水平较高;利用SPSS 17.0的GLM模块分析标记与性状间的相关性,有25个标记与相应性状相关(P<0.05),其中6个标记与性状的相关性达到极显著水平(P<0.01),使用独立样本T检验和Duncan's多重比较找到了每个位点的优势基因型;利用NCBI的Blast模块将各位点序列与斑马鱼的序列进行比对,有11个位点与斑马鱼基因相关,一致度均在80%以上,其中6个基因功能已知。
中国水产科学 , 2020, 27(6):613-. doi:10.3724/SP.J.1118.2020.19290
摘要:为了指导团头鲂(Megalobrama amblycephala)、翘嘴鲌(Culter alburnus)及其杂交F2、回交F2的育种工作,对两种回交F2、一种杂交F2及两种原始亲本共5个群体的遗传结构及生长性能进行研究。结果表明,团头鲂(MA)、翘嘴鲌(CA)、团头鲂♀×翘嘴鲌杂交F2(MC-F2)、团头鲂♀×MC回交F2(BC1-F2)、翘嘴鲌♀×MC回交F2(BC2-F2)的平均等位基因数(Na)分别为4.50、4.40、4.75、4.85、5.10,平均观测杂合度(Ho)分别为0.7683、0.5550、0.7967、0.8317、0.6200,平均期望杂合度(He)分别为0.6671、0.6308、0.6995、0.7240、0.6949,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6046、0.5717、0.6406、0.6676、0.6339,BC1-F2群体的遗传多样性最高(P<0.05)。MA、MC-F2和BC1-F2群体大多数位点的Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数显示杂合子过量(D>0),CA、BC2-F2群体出现了杂合子缺失现象(D<0)。聚类分析显示CA与BC2-F2首先聚类,MA与BC1-F2首先聚类再与MC-F2聚类,最后这2大类聚为一支。结合Nei’s遗传距离和遗传相似度分析,其杂交与回交后代均具有母本效应。引物Me.Am._15、Me.Am._1、TTF01、Mam25在5个群体中均产生特异性条带,可作为5个群体的鉴定标记。通过对5个群体的生长性能的测量,BC1-F2群体表现出显著的生长优势。该结果对鲂鲌杂交及回交后代的种质资源保护、种群鉴定及良种的选育具有重要意义。
大连海洋大学学报 , 2010, 25(3):197-. doi:
摘要:利用RAPD和微卫星标记技术,对芙蓉鲫及其原始亲本(红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤)5个群体的遗传关系进行研究。利用20条随机引物进行RAPD分析,其中12条在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示:芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤的遗传相似性分别为0.8757、0.7478、0.7419、0.7449,遗传距离分别为0.1327、0.2906、0.2985、0.2944。在进行微卫星标记分析时,所扩增的29对微卫星引物中共有13对在5个群体中均能扩增出特异条带。统计分析显示,芙蓉鲫与红鲫、芙蓉鲤、散鳞镜鲤、兴国红鲤的遗传相似性分别为0.8717、0.7434、0.6680、0.7552,遗传距离分别为0.1374、0.2965、0.4034、0.2808。两种分析结果均表明,芙蓉鲫的遗传结构更接近于父本红鲫,与外祖父兴国红鲤的遗传相似性比与外祖母散鳞镜鲤的遗传相似性要大,其遗传结构更偏向于具红色体征的原始亲本。
南方水产科学 , 2014, 10(2):67-. doi:10.3969/j.issn.2095-0780.2014.02.010
摘要:利用11个微卫星位点,对海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)育种群体进行了遗传多样性评价和聚类分析。结果显示,海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳鲹育种群体的平均等位基因(Na)分别为5.0和3.6,平均有效等位基因(Ne)为2.965和2.244,观测杂合度(Ho)分别为0.292~0.814和0.207~0.840,期望杂合度(He)分别为0.307~0.813和0.189~0.761,海南三亚群体中多态信息含量(PIC)为0.014~0.719,平均为0.509,而广东大亚湾群体的PIC为0.168~0.711,平均为0.436。海南三亚群体有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.05),广东大亚湾群体有2个位点偏离哈温-伯格平衡;2个群体间的遗传相似系数为0.561,遗传距离为0.578,遗传分化指数(Fst)为0.152。Structure软件分析显示海南三亚和广东大亚湾2个卵形鲳鲹群体各为一支,2个群体间具有较大的遗传分化,可作为2个育种群体管理,2个群体间进行杂交选育预期可获得较好的遗传进展。
水产学报 , 2020, 44(12):1976-. doi:10.11964/jfc.20191112065
摘要:基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记,对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示,413尾个体共检测到单倍型117种,其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型,占总单倍型数目的2.5%;放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种,分别占总单倍型数的17.09%和56.41%,放流群体特有单倍型数明显低于野生群体;放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5,单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9,遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示,放流、野生群体平均等位基因数(Na)分别为13~44和13~27,平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0,均具较高的遗传多态性;群体遗传结构分析结果表明,放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明,山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性,且遗传结构未存在显著的群体分化。
水产学报 , 2020, 44(3):351-. doi:10.11964/jfc.20181011480
摘要:为了建立黄鳍棘鲷微卫星亲子鉴定技术,利用荧光引物和自动测序技术检测了自主开发的12对微卫星分子标记在505尾黄鳍棘鲷个体中的遗传多态性,并构建了亲子鉴定技术。结果显示,该研究中筛选的12个微卫星标记共检测到119个等位基因,平均等位基因数(Na)为9.91,平均观测杂合度(Ho)为0.651,平均期望杂合度(He)为0.661,平均多态性信息含量(PIC)为0.621,具有丰富的多态性。此外,运用Cervus 3.0 软件对已知系谱信息的112尾黄鳍棘鲷亲本和393尾子代个体进行模拟分析,结果显示,当双亲未知且置信度为95 % 时,12 个标记的累积排除概率达99.58 %;当微卫星标记数量为8 时,累积排除概率达到99.1 %。因此确定AL49、AL37、AL01、AL20、AL14、AL18、AL15和AL51共8个多态性较高的微卫星标记为黄鳍棘鲷微卫星亲子鉴定的核心体系。在双亲性别未知的情况下,其双亲的累积排除率为99.1 %。根据黄鳍棘鲷子代的实际基因分型数据,实际鉴定率为89.31 %。该研究构建的微卫星标记组合能为黄鳍棘鲷不同家系混养后的亲子鉴定、种群选育和分子辅助家系管理提供科学的技术手段。
水产科技情报 , 2019, 46(3):121-. doi:10.16446/j.cnki.1001-1994.2019.03.001
摘要:利用微卫星标记技术,对长江刀鲚野生群体(YS)与3个连续选育世代群体(F1、F2、F3)间的遗传多样性进行了分析。12对多态性微卫星引物总共检测到等位基因82个,平均每对引物获得等位基因6.83个。4个群体的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)以及平均多态信息含量(PIC)分别为3.47~4.10、0.400 0~0.516 7、0.684 4~0.738 1和0.646 4~0.701 2。F1、F2、F3之间的遗传分化微弱(FST<0.05),并与YS具有中等程度的遗传分化(0.05 < FST < 0.15)。分子方差分析(AMOVA)结果显示,大部分的遗传变异来源于个体间(93.66%),仅有6.34%的遗传变异来源于群体间。F1、F2、F3的遗传变异水平低于YS,且呈现出伴随着选育世代的进行而降低的趋势,表明选育群体随着人工选育的进行而日趋纯化,但仍然具有丰富的遗传多样性和进一步选育的潜力。
上海海洋大学学报 , 2015, 24(1):1-. doi:
摘要:通过异源精子冷休克技术获得翘嘴鲌减数分裂雌核发育一代(meio-G1)、减数分裂雌核发育二代(meio-G2),以太湖野生翘嘴鲌(Culter alburnus Basilewsky)为对照群体,采用微卫星(SSR)标记和随机扩增多态性DNA (RAPD)标记分析了3个群体的遗传特征.SSR结果显示,12个微卫星位点在meio-G1、meio-G2和对照组3个群体中,分别扩增到38、16和47个等位基因,平均等位基因数为3.166 7、1.333 3和3.916 7,平均观测杂合度(Ho)分别为0.430 6、0.333 3和0.675 0,平均纯合度分别为0.569 4、0.666 7和0.325 0.3个群体内个体间的平均遗传相似系数分别为0.543 0、1.000 0和0.571 9;聚类分析结果表明,meio-G1和对照组聚为一支,meio-G2单独聚为另一支.RAPD结果显示,14个引物在3个群体中检测到的位点数分别为74、61和64,3个群体的多态位点比例分别为63.51%、0和51.56%,按照Nei's指数统计的3个群体的遗传相似度分别为0.801 8、1和0.846 0,meio-G2的基因组DNA同质性远高于meio-G1和对照组.两种分子标记结果均表明,meio-G2的纯合度、个体间的遗传相似系数均高于meio-G1和对照组,且个体间的基因型完全一致,是良好的育种材料.
大连海洋大学学报 , 2009, 24(4):366-. doi:
摘要:以生物素标记的(CA)12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-32P标记的探针(CA)12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59.3%。测序347个序列,得到335个(96.54%)含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个(62.4%),非完美型的有121个(32.0%),复合型的有21个(5.6%),从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明, 10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3~11不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.5061~0.8995和0.4133~0.8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。
南方水产科学 , 2017, 13(2):59-. doi:10.3969/j.issn.2095-0780.2017.02.008
摘要:为从遗传多样性的角度了解团头鲂(Megalobrama amblycephala)3个选育群体的遗传潜力,该研究以团头鲂“浦江1号”选育奠基群体(F0)为对照组,采用14个多态性转录组微卫星标记评估了团头鲂3个选育群体的遗传多样性,分析其遗传潜力。结果显示,3个选育群体平均每个位点的等位基因数(A)为7.928 6~8.785 7,有效等位基因数(AE)为4.409 4~4.878 4,观察杂合度(HO)为0.491 1~0.574 4,期望杂合度(HE)为0.741 3~0.751 8,多态信息含量(PIC)为0.691 2~0.705 2,近交系数(FIS)为0.229~0.352。3个选育群体的遗传多样性水平(AEHE)均高于F0群体,但不存在显著差异(P>0.05)。3个选育群体的有效群体大小(Ne)为11.0~29.3,在近期可能经历过遗传瓶颈。3个选育群体间DADSW遗传距离分别为0.175 4~0.358 8、0.804 7~1.054 4。该结果表明,3个选育群体的遗传多样性较高,遗传潜力较大,但因有效群体数量较少和瓶颈效应的影响,存在杂合度下降和近交衰退的风险,今后需采取科学措施来保护选育群体的遗传潜力。