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长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

渔业科学进展 , 2019, 40(5):101-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20180802001

摘要：本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚（Coilia ectenes）肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记，为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示，从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列；刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征，其中，单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型，分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%；不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同，其中，A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%，AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%，AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%；不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同，重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势；从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记，并以此为基础，对长江刀鲚选育群体（F₃）的遗传学特征进行了初步评估，结果显示，长江刀鲚选育群体F₃的平均有效等位基因数（N_e）、平均观测杂合度（H_o）、平均期望杂合度（H_e）和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明，基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的，所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。

关键词：刀鲚 , 转录组 , 微卫星 , 分子标记

菊黄东方鲀野生和人工选育群体遗传变异的SSR和ISSR分析

于爱清 , 施永海 , 张海明 , 谢永德 , 徐嘉波

上海海洋大学学报 , 2018, 27(2):161-. doi:10.12024/jsou.2017082122

摘要：利用SSR和ISSR两种分子标记技术，对菊黄东方鲀的人工选育群体（SH）和野生群体（YS）的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示，14个微卫星位点总共获得了146个等位基因，选育和野生群体的平均期望杂合度（He）分别为0.730 0和0.832 3，平均多态信息含量（PIC）分别为0.705 1和0.813 6；ISSR结果显示，选育和野生群体的平均Nei's基因多样性指数（H）分别为0.267 2和0.282 3，平均Shannon信息指数（I）为0.407 2和0.425 6，表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外，两种分子标记遗传分化的结果显示，两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9（SSR）和0.061 5（ISSR），表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上，本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。

关键词：菊黄东方鲀 , SSR , ISSR , 人工选育 , 野生群体

长江刀鲚脑转录组多态性EST-SSRs的规模化开发与利用

于爱清 , 施永海 , 徐嘉波

大连海洋大学学报 , 2023, 38(2):196-. doi:10.16535/j.cnki.dlhyxb.2022-205

摘要：为加速长江刀鲚(Coilia nasus)分子标记辅助育种的研究进程,对养殖长江刀鲚雌、雄个体分别进行转录组测序,利用MISA软件挖掘长江刀鲚脑转录组Unigenes中的EST-SSRs,采用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSRs,并对3个长江刀鲚养殖群体开展遗传多样性研究。结果表明:从雌性长江刀鲚脑转录组143 374条Unigenes中获得了 95 905个EST-SSRs,从雄性脑转录组135 215条Unigenes中获得了88 774个EST-SSRs;雌、雄转录组EST-SSRs均以二核苷酸重复基序数量最多,其他核苷酸重复基序的数量均呈逐级减少的趋势;单核苷酸到三核苷酸重复基序的优势重复基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT;从1 082个多态性EST-SSRs中随机选取20个位点设计基因特异性PCR扩增引物,并进行有效性和多态性验证,获得了18对多态性较好的EST-SSRs(多态率约为90%),用其评估长江刀鲚不同年份(2018、2019和2020年)养殖群体的遗传多样性,结果显示,2018、2019、2020养殖群体的平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为0.445 2、0.485 4和0.420 9,表明长江刀鲚养殖群体的遗传变异较为丰富。研究表明,基于长江刀鲚脑转录组数据所开发的多态性EST-SSRs能够应用于不同年份养殖群体的种质资源评估和遗传育种研究。

关键词：长江刀鲚 , 转录组 , 微卫星 , 分子标记