水产学报 , 2020, 44(12):1976-. doi:10.11964/jfc.20191112065
摘要:基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记,对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示,413尾个体共检测到单倍型117种,其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型,占总单倍型数目的2.5%;放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种,分别占总单倍型数的17.09%和56.41%,放流群体特有单倍型数明显低于野生群体;放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5,单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9,遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示,放流、野生群体平均等位基因数(Na)分别为13~44和13~27,平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0,均具较高的遗传多态性;群体遗传结构分析结果表明,放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明,山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性,且遗传结构未存在显著的群体分化。
水产学报 , 2011, 35(2):183-. doi:10.3724/SP.J.1231.2011.17134
摘要:运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致,明显分为3大支。矮大叶藻与大叶藻属间3种大叶藻的核苷酸最小差异值为19.33%,在分子数据上达到了属的水平。基于matK和rbcL基因片段拼接序列的分析结果表明:大叶藻与丛生大叶藻的分化时间在上新世(2~2.7百万年前),与宽叶大叶藻的分化时间在上新世(4~5.3百万年),与矮大叶藻的分化时间在渐新世(27~36百万年前),与红须根虾形藻的分化时间在始新世(33~44百万年前)。4个地区大叶藻的ITS片段序列完全相同,结果表明大叶藻ITS区的变异程度与地理距离不相关,其不适用于大叶藻不同地理株间的分子系统演化。该研究进一步阐述了5种大叶藻的系统发育关系,同时也为国内海草的分子系统发育研究提供重要参考。
中国水产科学 , 2011, 18(3):619-. doi:10.3724/SP.J.1118.2011.00619
摘要:珊瑚礁区生物多样性是当今生态学研究热点之一 , 为更全面地了解南海诸岛珊瑚礁海域鱼类物种多样性分布格局 , 系统整理了 20世纪 70年代以来南海东沙、西沙和中沙及南沙群岛珊瑚礁海域鱼类资源调查的历史资料 , 研究了南海珊瑚礁鱼类分类学多样性。种类统计结果表明 , 目前东沙记录鱼类种类 514种, 西沙和中沙 632种, 南沙 548种; 各礁区记录鱼类物种数目少于预测数目 , 也少于全球其他生境相似的海域记录的鱼类种数。估算了南海珊瑚礁鱼类平均分类差异指数 △+和分类差异变异指数 ∧+ 结果显示 , 东沙△+和∧+分别为 55.1、121; 西沙、中沙 △+为 60.2, ∧+为 164; 南沙△+为 56.6、∧+为 150; 各礁区, 海域鱼类 △+值均小于东海陆架海域 , 而∧+值均高于东海陆架海域。在种和科的分类水平上 , 计算了南海珊瑚礁海域与卡拉棉群岛、米尔恩湾、南沙群岛西南陆架和南海北部陆架海域鱼类的相似性系数 , 结果表明 , 西、中沙群岛与其他礁区海域鱼类在种级分类阶元上的相似性系数相差较大, 所有珊瑚礁海域鱼类在科级分类阶元上的相似性系数较为接近; 另外, 所有珊瑚礁海域鱼类种(科)间相似性均高于其与陆架海域鱼类种 (科)间相似性。对南海珊瑚礁、卡拉棉群岛和米尔恩湾等海域典型礁栖性鱼类的科的物种相对丰富度进行了 Kruskal-Wallis检验, 结果表明, 其差异均不显著 (P>0.05)。结论认为 , 物种多样性较高而分类多样性较低是南海珊瑚礁鱼类多样性大尺度分布格局的主要特征。
水生生物学报 , 2018, 42(1):99-. doi:10.7541/2018.013
摘要:为明确浙江近海鲵属鱼类物种组成, 对采自舟山和温州近海共计411尾鲵鱼样品进行形态学测定, 并基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因片段探讨其序列差异及系统发育关系。结果显示: 浙江近海的鲵属鱼类为少鳞鲵和中国鲵, 两种鲵鱼形态特征鲜明, 鱼鳔形态差异明显。所测得的少鳞鲵和中国鲵COⅠ基因片段长度均为600 bp, 平均GC含量分别为46.6%和49.9%。依据Kimura-2-parameter模型(K2P), 少鳞鲵和中国鲵的种内平均遗传距离分别为0.002和0.000, 两种间平均遗传距离为0.211。采用邻接法构建的系统发育树显示, 中国鲵先和邵氏鲵聚为一支, 然后与少鳞鲵聚为一支, 再与其他鲵属鱼类聚类。研究结果明确了浙江沿海鲵属鱼类的物种组成, 并为探讨少鳞鲵和中国鲵的系统发育关系及基于COⅠ基因的鲵属鱼类物种鉴定提供了参考。
水生生物学报 , 2017, 41(3):603-. doi:10.7541/2017.77
摘要:研究采集了青岛近海23尾路氏双髻鲨(Sphyrna lewini),通过线粒体DNA控制区片段对其遗传多样性进行分析。研究结果显示:在23个个体的控制区序列上存在13个变异位点,未检测到插入/缺失位点;检测到7个单倍型,其中3个为个体共享单倍型(Hap1、Hap3和Hap5),4个为个体独有单倍型;青岛近海路氏双髻鲨呈现中等水平的单倍型多样度和较低的核苷酸多样度;与已报道的日照、霞浦群体间的遗传分化指数Fst值分别为-0.0571和-0.0328,表明青岛群体与其他两个群体间不存在显著差异。以Sphyrna zygaena为外群构建NJ系统树显示本研究中7个单倍型共分成两支,分别与来自太平洋、印度洋的单倍型类群聚类。中国近海的路氏双髻鲨作为一个具有较低遗传多样性的濒危物种,其资源保护更应该引起足够的重视。
南方水产科学 , 2010, 6(5):27-. doi:10.3969/j.issn.1673-2227.2010.05.005
摘要:比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝(Perna viridis)和条纹隔贻贝(Septifer virgatus)为外群,基于距离法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)、贝叶斯演绎法(BI)及贝叶斯联合模型分析法构建分子系统树。系统发育分析结果表明,5种贻贝[Mytilus edulis,紫贻贝(M.galloprovincialis),盖勒贻贝(M.trossulus),厚壳贻贝(M.coruscus),加州贻贝(M.californianus)]在系统树上聚为2支。加州贻贝最为原始,厚壳贻贝次之。其中,紫贻贝和M.edulis具有很近的亲缘关系,而厚壳贻贝和加州贻贝的亲缘关系近。研究结果为贻贝属物种进化、迁移及其育种研究提供了理论基础。
水生生物学报 , 2021, 45(1):69-. doi:10.7541/2021.2019.156
摘要:研究旨在利用传统形态学与DNA条形码技术相结合的方法, 进一步探讨中国布氏鲾属Eubleekeria Fowler 1904鱼类的分类与鉴定问题。2014—2016年从广东湛江和广西北海、防城港和东兴近海采集了153尾鲾科鱼类样品, 经形态学鉴定为布氏鲾属种类: 琼斯氏布氏鲾Eubleekeria jonesi (James, 1971)。该种主要鉴别特征为: 眼位于口裂的水平线之上, 颊部无鳞, 两臀鳍之间区域裸露无鳞, 颈部有半圆形裸露无鳞区域, 背鳍上黑斑色淡, 略呈灰色。将其鉴别特征与相关文献记录比较, 表明之前中国大陆记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)可能为琼斯氏布氏鲾。基于线粒体COⅠ基因片段结合GenBank中布氏鲾属鱼类的同源序列, 采用邻接法构建的分子系统树显示, 此研究中采集自中国大陆的布氏鲾属鱼类标本与中国台湾记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)明显地分为两支。基于Kimura双参数模型(K2P)计算, 支系间遗传距离为0.130, 远大于支系内平均遗传距离(0.005和0.006), 支持将二者作为独立物种的观点, 与此研究传统形态学方法的结果一致。
水生生物学报 , 2016, 40(1):35-. doi:10.7541/2016.5
摘要:为探讨松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)线粒体控制区特征及其群体遗传结构, 研究测定分析了中国和日本沿海共8个群体的线粒体控制区序列, 分析了其结构特征, 识别出终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的特征序列。遗传多样性分析结果显示: 69个松江鲈个体共检测到47个单倍型, 呈现出核苷酸多样性(0.0079)较低和单倍型多样性(0.978)较高的特点。单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两大世系。遗传分化系数(Fst)和分子方差分析(AMOVA)结果表明, 松江鲈中国群体和日本群体之间存在的遗传差异较显著, 中国沿海各群体之间亦存在着一定程度的遗传差异, 该分化主要由历史环境变动、当代环境因素和自身生态习性等原因造成。
集美大学学报(自然科学版) , 2014, 19(4):247-. doi:
摘要:利用判别分析、主成分分析和聚类分析等多元统计分析方法,对中国、日本 4 个褐菖鲉群体耳石的 8 个形状指标和 77 个椭圆傅里叶参数进行分析. 判别分析结果显示,这 4 个褐菖鲉群体综合判别正确率为 89.1%,各群体判别正确率在 79.2%~100% 之间; 聚类分析结果显示,中国惠州和海口的褐菖鲉群体聚为一支,日本横须贺和伯方岛群体聚为另一支; 主成分分析结果显示,前 17 个主成分累积贡献率为96.25%. 研究结果表明中国、日本褐菖鲉群体在耳石形态上存在显著差异.