渔业科学进展 , 2020, 41(2):95-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20190123002
摘要:本研究以海南南渡江野生唇䱻(Hemibarbus labeo)为材料,采用腹腔注射植物血球凝集素(PHA)、秋水仙素,肾细胞直接制片法,分析唇䱻染色体核型和银染(Ag-NORs)。结果显示,唇䱻的二倍体染色体数目为50,核型公式为2n=18m+12sm+12st+8t,其染色体臂数(NF)为80,未发现异型染色体,Ag-NORs出现在第5对和第11对同源染色体的短臂末端。亚科鱼类染色体进化综合分析结果表明,唇䱻具有亚科鱼类的原始核型。本研究不仅补充了唇䱻的细胞遗传学数据,为研究亚科/䱻属鱼类的分类与进化提供了数据资料,也为唇䱻的种质资源保护、种质改良等工作奠定了理论基础。
中国水产科学 , 2018, 25(4):803-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.17326
摘要:达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(Hd)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。
渔业科学进展 , 2020, 41(3):158-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20190326001
摘要:本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT(Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT基因在不同组织、不同发育时期和不同性别的相对表达量差异。结果显示,与产卵期相比,濒死期的心、肝、胰、鳃、性腺、食道上神经团(除去视腺和视叶后的脑组织)等6个组织的TERT基因表达量呈显著下调趋势,推测与濒死期的器官组织分裂和增殖能力下降有关。TERT基因在金乌贼不同组织中具有明显的组织特异性,说明金乌贼各组织器官的衰老状态并不一致。本研究结果可为深入研究头足类生殖与衰老等生命过程的端粒酶调控机制提供基础数据。
渔业科学进展 , 2018, 39(4):46-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20180323001
摘要:DNA甲基化在基因表达、细胞衰老、性状分化中发挥重要调控作用,为探讨生长期金乌贼(Sepia esculenta Hoyle)不同性别、不同组织DNA甲基化水平和模式的差异,本研究采用荧光标记的甲基化敏感扩增多态性(Fluorescence-labeled Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,F-MSAP)技术,选取12对特异性引物,检测分析了雌、雄金乌贼肌肉、心脏、胰脏和性腺4种组织的基因组DNA甲基化。结果显示,生长期金乌贼基因组DNA总甲基化水平为23.97%~39.70%,在水产无脊椎动物中处于较高水平;金乌贼4种组织中,肌肉的总甲基化水平最高,这可能与金乌贼存在异速生长现象且在生长期运动器官优先发育有关;金乌贼甲基化水平和模式存在性别差异,雌性金乌贼肌肉组织DNA总甲基化水平显著低于雄性,心脏和胰脏组织DNA总甲基化水平却显著高于雄性;此外,雌性金乌贼肌肉组织全甲基化水平对总甲基化水平贡献最大,与之不同的是,雌性其他组织、雄性金乌贼各组织中半甲基化水平和全甲基化水平差异不大,说明金乌贼DNA甲基化的水平和模式具有性别和组织差异。上述结果可为深入研究金乌贼生长发育、组织分化和衰老死亡等生命过程的表观遗传学调控提供基础数据。
中国水产科学 , 2018, 25(4):902-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.18257
摘要:生物多样性与人类存亡休戚相关,保护生物多样性是实现人类社会可持续发展的基础。本文立足我国渔业生物多样性现状,针对我国渔业生物过度开发和保护不足等难题,提出了通过开展渔业生物DNA条形码研究来推动我国渔业生物多样性学科发展的思路,详细阐述了DNA条形码在渔业生物资源可持续开发、物种分类鉴定、生物多样性监测、外来物种评价、水产品市场监管、渔业信息化等多个领域的应用现状,进一步展望了DNA条形码可以成为渔业生物区系研究、水域生态研究、电子分类技术以及宏DNA条形码新技术等多个方面的研究热点,呼吁扎实推进我国渔业生物DNA条形码数据库和信息化平台的建设和共享。
中国水产科学 , 2018, 25(3):503-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.17428
摘要:为了深入了解金乌贼(Sepia esculenta Hoyle)的生殖生理特性,本研究采用解剖学方法及组织切片技术,观察和描述了金乌贼卵巢形态和卵子各个时相结构特征及其变化规律。研究结果表明,金乌贼卵子发生过程的主要特征表现为,卵子成熟之前滤泡细胞一直存在且伴随着其结构变化,滤泡细胞解体与卵黄物质出现同步发生,卵黄物质从无到有再到大量积累直至充满整个卵母细胞,细胞核则随着滤泡细胞内折逐渐发生偏移直至最后消失。研究还发现金乌贼卵巢内卵子发生不同步且形态差异显著,未成熟的卵子粘连在卵巢基质上,依次环布于卵巢基质周围,越靠近中心,卵母细胞发育程度越低;成熟后的卵子游离在卵巢腔中,经过输卵管排出体外。根据卵巢内卵子的大小和形态、滤泡细胞形态及卵黄形成情况,将金乌贼卵子发生分为增殖期(卵原细胞期)、小生长期(无滤泡期,单层滤泡期,双层滤泡期)、大生长期(滤泡内折期,卵黄形成早期,卵黄形成晚期)、成熟期、退化吸收期共5个时期9个时相。卵巢发育分期则是以卵子时相为基础,根据卵巢的外观形态、性腺系数以及切面上优势卵子的时相,把卵巢分为I~VI共6个时期。金乌贼卵巢发育和卵子发生的动态观察与描述,对丰富头足类繁殖生物学理论及提升人工繁殖技术都具有重要意义。
渔业科学进展 , 2016, 37(6):19-. doi:10.11758/yykxjz.20151203001
摘要:本研究将基于线粒体COI部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homo-dimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合。利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%,但鉴定准确率可达100%。因此,基于COI基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键。
中国水产科学 , 2017, 24(3):432-. doi:10.3724/SP.J.1118.2017.16325
摘要:本研究利用线粒体细胞色素b (Cyt b)基因标记对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)6个群体(长岛底播增殖群、海洋岛底播增殖群、獐子岛底播增殖群、旅顺自然群、“獐子红”人工选育群以及日本青森陆奥湾群)进行种质状况评估,研究结果表明,6个群体120个个体的Cyt b基因序列共检测到20种单倍型,其中“獐子红”人工选育群单倍型最少,日本群体单倍型最为丰富,两者单倍型多样性指数分别为0.10000和0.88400。分子方差分析(AMOVA)发现,日本群体与中国群体间变异百分比为15.34%,明显高于作为一个基因池时群体间遗传变异水平;就中国组群而言,其83.41%的遗传变异来自于群体内部,组内群体间的变异只占1.52%,说明中国群体个体间的遗传变异远大于群体间的遗传变异。Fst分析显示,中国群体与日本群体之间发生了中等水平的遗传分化(0.07455~0.17895,Fst>0.05)。以遗传距离矩阵构建群体间分子系统树(UPGMA树),拓扑结构图显示中国5个群体先聚为一支,再与日本群体聚为一支。由此可见,中国养殖区的虾夷扇贝与日本原产地群体间已出现明显的遗传分化,且虾夷扇贝中国群体的遗传多样性处于较低水平。本研究结果可为虾夷扇贝的种质资源保护与可持续开发利用提供理论依据。
中国水产科学 , 2018, 25(4):705-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.17356
摘要:构建DNA条形码数据信息系统是规范管理DNA条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上,通过统一提交数据的规范格式,实现物种、凭证标本和DNA条形码的三级关联,构建了中国渔业生物DNA条形码信息平台(http://www.fishery-barcode.cn)。该平台数据信息由物种名录数据库、凭证标本数据库和DNA条形码数据库组成,涵盖6020种渔业生物的凭证信息和DNA条形码资源。平台能够提供方便的网络查询,实现未知渔业生物样本的DNA条形码物种鉴定。研究首次构建涵盖我国重要渔业生物的DNA条形码信息平台,通过平台实现国内外数据共享和合作交流,为渔业生物分类、种质资源利用、濒危物种保护和水产品物种物种鉴定提供重要数据资源。
中国水产科学 , 2011, 18(2):245-. doi:10.3724/SP.J.1118.2011.00245
摘要:应用 DNA条形码通用引物扩增了 11种中国近海习见头足类 (Cephalopoda)共计 97个个体的线粒体细胞色素 C氧化酶亚基 I(Cytochrome Coxidase I, COI)基因片段 , 与 GenBank收录的 19种 95条头足类同源序列进行比对。结果表明 , 头足类 COI基因存在碱基插入缺失现象 , 杜氏枪乌贼 (Uroteuthis duvauceli)插入缺失位点数多达 33个; 碱基组成偏倚明显 , A+T含量(66.70%)显著高于 G+C (33.30%)含量。基于 Kimura双参数模型计算 , 29个物种的种内平均遗传距离为 0.007 2, 种间平均遗传距离 (0.202 4)是种内遗传距离的 28.11倍。针对剑尖枪乌贼 (Loligo edulis, Uroteuthis edulis, Photololigo edulis)分类和命名的分歧 , DNA条形码分类结果显示 , 该物种与枪乌贼属 (Loligo)和尾枪乌贼属 (Uroteuthis)的 COI基因同源性较低 , 不支持将其划归到 Loligo或 Uroteuthis。近爱尔斗蛸属 (Pareledone)6个代表物种的种间遗传距离较小 (0.012 0~0.038 5), 对于此类变异程度较低的物种 , DNA条形码仍可准确区分 , 但其种间遗传距离的阈值尚待深入探讨。系统发育树的聚类分析结果表明 , COI基因在种、属水平的分类鉴定及其系统进化关系与传统方法所得结果一致性较高 , 分别为 100%、91.67%; 科、目水平的一致性略低 , 分别为 80%和 66.67%。可见, 线粒体 COI基因作为头足类 DNA条形码在物种鉴定中适用性较高 , 亦适用于种属水平的系统进化分析, 是形态学分类系统的必要补充和佐证。 [中国水产科学 , 2011, 18(2): 245.255]