上海海洋大学学报 , 2011, 20(1):34-. doi:
摘要:为了解团头鲂MHCⅠ类基因的结构,采用cDNA末端快速扩增(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术,首次成功克隆了团头鲂"浦江I号" F0基础群体及选育F8世代的MHCⅠ类基因,共获得3条cDNA全长序列.序列全长为2 040~2 079 bp,含有87~102 bp的5'-UTR,1 035~1 044 bp的编码区(包括信号肽,alpha 1、alpha 2和alpha 3三个结构域,跨膜区和胞质区)及911~946 bp的3'-UTR区,分别编码347、344个氨基酸.F8世代序列的核苷酸/氨基酸的同源性很高,为89.0%/93.0%,而与F0世代的同源性较低(75.3%~77.0 % 和71.1%~71.4%),呈现出明显的分子多态性.分析表明,团头鲂具有经典的MHCⅠ类分子的空间结构,与人类HLA-A2的抗原肽结合区的晶体结构相比,二者的差异主要集中在5个(I~V)区上.在Neighbor-joining(NJ)法构建的分子进化树中,团头鲂与草鱼的亲缘关系最近,与鲑鳟鱼类、爬行类、鸟类、哺乳类及人类的亲缘关系则渐远.RT-PCR组织表达分析表明,团头鲂MHCⅠ类基因在所检测的的8个组织中均表达,在鳃、头肾和血液中有较强的转录本,中等强度表达于肝脏和脾脏,在后肾、肠和肌肉中表达较弱.
水产学报 , 2016, 40(1):11-. doi:10.11964/jfc.20150109694
摘要:嗅觉是鱼类感知周围环境的重要工具,可能参与生殖洄游的过程。嗅觉由嗅觉受体(olfactory receptor)基因所编码的受体蛋白识别气味分子所引发,主嗅觉受体(MOR)基因是数量最大的一类嗅觉基因,可识别水溶性气味分子。为了弄清刀鲚定居型与洄游型种群的主嗅觉基因差异,本研究通过RACE技术获得了洄游型刀鲚MOR-2AK2基因,其开放阅读框长度972 bp,为单外显子结构,可编码323个氨基酸残基。预测表明,MOR-2AK2基因所编码的蛋白为7个疏水性的α-螺旋跨膜结构,属于G-蛋白偶联受体。对10种组织所作的定量分析表明,MOR-2AK2基因在嗅囊和性腺中的表达量远远高于其他组织器官,并且嗅囊中的表达量还高于性腺中的7~25倍。MOR-2AK2基因的表达量也存在性别差异,其中雌性嗅囊中的表达量约为雄性中的2倍,但精巢中的表达量却约是卵巢中的2倍。序列分析显示,MOR-2AK2基因的5'-UTR区域存在着一段微卫星序列(GT)5,其中定居型多出洄游型14个碱基(GTGTGTGTGTGTTT),这导致了二者所编码的氨基酸序列的相似度仅为84%。这些结果表明,MOR-2AK2基因不但与嗅觉功能有关,也可能参与了刀鲚的性腺发育或生殖洄游过程,同时也可能与定居型种群的形成相关。
上海海洋大学学报 , 2012, 21(5):684-. doi:
摘要:利用MHC Ⅰ类α2结构域基因片段,分析鲢长江群体(YZL)与多瑙河群体(DAN)、密西西比河群体(MIS)间的遗传变异。从3群体共40尾个体的117个有效克隆中,获得MHC Ⅰ类α2结构域等位基因68个。主要结果为:(1) YZL、DAN 和MIS 群体的等位基因数分别为21、27和20个,且群体间核苷酸序列(54.1%~99.5%)、氨基酸序列(39.4%~98.6%)的同源性变异范围大,揭示3群体MHC Ⅰ类α2结构域的多态性都较丰富。(2) 群体内平均核苷酸/氨基酸序列同源性的大小顺序为MIS > DAN > YZL;而群体内核苷酸/氨基酸多样性指数(π/πaa)的大小顺序恰与此相反,表明鲢YZL群体MHC Ⅰ类α2结构域的变异较DAN和MIS群体大。(3) 以氨基酸序列进行AMOVA分析的结果表明,3群体间、国内群体与国外移居群体间都存在显著的遗传分化(P<0.05)。(4) 3群体抗原结合区(PBR)的非同义碱基/同义碱基替换值ω的大小顺序为YZL(1.652 5)> MIS(1.499 5)> DAN(1.337 0)> 1,且在PBR区检测到5个正向选择位点,揭示3群体鲢MHC Ⅰ类分子均受到正向选择压力的作用,其中YZL群体的选择压力最大。
水产学报 , 2016, 40(2):156-. doi:10.11964/jfc.20150409849
摘要:为了探讨刀鲚2种不同生活史种群的遗传结构差异以及成因,本研究利用分子克隆及转座子展示技术,从刀鲚基因组中分离、鉴定出一类新的、命名为Cn-Tc1的转座子。该转座子全长1896 bp,为鳀科鱼类第一类被挖掘的Tc1转座子。Cn-Tc1自身包含另一个长度为1040 bp的类Tc1,表明Cn-Tc1在基因组内的转座经历过多次迸发。Cn-Tc1的5'和3'末端反向重复序列长度分别为64和83 bp,转座插入位点具有"TATA"基序。预测的Cn-Tc1转座酶具有与DNA结合的保守结构,提示其仍具有转座潜能。Cn-Tc1插入位点侧翼序列的GC含量呈不均匀分布,均值低于AT含量。运用荧光定量PCR方法,估算了靖江、象山、洞庭湖、鄱阳湖、太湖以及崇明等水域刀鲚种群基因组中Cn-Tc1拷贝数,分别为3.140×103、2.992×103、6.876×103、5.205×103、5.531×103和3.046×103个。单因素方差分析发现,象山、崇明、靖江种群间的拷贝数差异性不显著,而与其他种群的差异性均显著;鄱阳湖、太湖和洞庭湖种群之间差异性亦不显著,但与其他种群均呈显著性差异。研究结果表明,Cn-Tc1促进了遗传结构的改变,为刀鲚种群的适应性进化提供了自然选择的基础。
上海海洋大学学报 , 2018, 27(1):1-. doi:10.12024/jsou.20170301981
摘要:为了探明如东海域浒苔藻团中附着的大量鱼卵的产卵鱼种,利用DNA条形码技术对其进行了物种鉴定。鉴定结果表明:鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼(Hyporhamphus sajori)COI基因片段序列之间无变异位点出现,遗传距离为0,而与其他颌针鱼目鱼类序列间差异达10.83%~20.94%,遗传距离在21.9%~26.4%之间;NJ分子系统发育分析显示鱼卵、仔鱼、成鱼与沙氏下鱵鱼聚为单系群。因此,确定该海域浒苔藻团中产卵鱼类为沙氏下鱵鱼。在此基础上探讨了浒苔藻团附着大量黏性鱼卵现象的原因及其对近海鱼类资源恢复的启示。