渔业科学进展 , 2016, 37(6):19-. doi:10.11758/yykxjz.20151203001
摘要:本研究将基于线粒体COI部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homo-dimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合。利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%,但鉴定准确率可达100%。因此,基于COI基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键。
中国水产科学 , 2015, 22(6):1133-. doi:10.3724/SP.J.1118.2015.15090
摘要:采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes) 2科6属7种的48条线粒体CO I基因序列, 结合从GenBank筛选出的4科40属83种的CO I基因序列225条, 对鲱形目鱼类的CO I条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析, 探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性.结果表明, 4科41属90种273条CO I基因序列的平均碱基组成为T: 28.3%、C: 28.3%、A: 24.2%、G: 19.2%, 碱基组成表现出明显偏倚性.鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131, 种内平均遗传距离为0.003, 种间距离为种内距离的41倍; 系统学分析结果显示, 97.8%的鱼类在系统进化树上均为单系.可见, 鲱形目鱼类DNA条形码符合物种鉴定的要求, 且基于CO I基因所建的NJ树对物种分类具有较为准确的辨识力.系统进化分析结果表明, CO I基因不仅能够解决低阶分类单元的系统进化关系, 对于高阶分类单元的系统分析研究结果也有一定参考价值.
中国水产科学 , 2016, 23(5):1006-. doi:10.3724/SP.J.1118.2016.15450
摘要:为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法,本研究扩增了我国47个鲉形目物种并下载了GenBank上收录的鲉形目共计23科85属233种873条细胞色素C氧化酶I基因(COI)序列,分析该基因结构特性。结果表明,鲉形目DNA条形码基因的碱基变异中,不变位点508个,占总位点数的82.1%;转换位点70个,颠换位点41个,分别占总位点数的11.3%和6.6%;种内遗传距离为0~0.019,平均遗传距离为0.003±0.0034;属内种间遗传距离为0.003~0.258,平均值为0.086±0.038;基于233个物种的COI序列构建的系统进化树显示,227个物种(97.4%)能聚为独立分支,且具有较高支持度。在此基础上以鲉科11属39种鱼类的DNA条形码为例,筛选出25个种的37个特异性探针,以此探针对鲉科鱼类进行物种快速鉴定成功率为64.1%,研究结果表明DNA条形码芯片用于鲉科的鉴定具有一定的可行性。
中国水产科学 , 2016, 23(4):777-. doi:10.3724/SP.J.1118.2016.15460
摘要:从GenBank下载到13目50科73属77种山东近海鱼类的线粒体细胞色素c氧化酶I(CO I)序列,通过分析其遗传距离及系统进化,并基于CO I序列筛选物种特异性探针来分析DNA芯片技术在进行物种鉴定时的可行性。结果表明,在CO I基因DNA条形码的分析中,77种鱼类的种间遗传距离(平均0.117)明显大于种内遗传距离(平均0.0034),且每个物种的不同个体在进化树上都能聚在一起,提示DNA条形码能全部区分77个物种;根据CO I基因设计的用于芯片的特异性探针中,77个物种最终有64个可以筛选出物种特异性探针,占总物种数的83.1%,本研究旨在为山东近海鱼类物种鉴定提供了技术支持。