渔业科学进展 , 2014, 35(4):13-. doi:10.11758/yykxjz.20140403
摘要:通过构建16S rDNA克隆文库对象山港南沙岛不同养殖模式(贝类养殖、藻类养殖及网箱养殖)表层沉积物微生物多样性和群落结构特征进行了比较和分析,共获取136个OUT。其中,贝类养殖区、藻类养殖区和网箱养殖区OTU分别为58、48和57个。各站位OTU分布差异明显,表现出高度的多样性。基于16S rDNA序列的生物多样性和丰富度分析表明,网箱养殖区丰富度指数ACE为739,香浓指数H'为3.8,均为最高值,丰富度指数Chao为245,略低于于贝类养殖区。贝类养殖区丰富度指数Chao为303,在各养殖区中最高。藻类养殖区丰富度指数ACE为174、Chao为89,香浓指数H'为3.6,均为最低值。系统发育分析表明,南沙岛各养殖区的优势种群均为变形菌门(Proteobacteria),但是藻类养殖区微生物群落结构与其他养殖区域相比,16S rDNA克隆文库差异显著,其中根瘤菌属(Rhizobium)及其他光合细菌在藻类养殖区分布较多。网箱养殖区沉积物表层微生物群落中出现了与环境污染密切相关的菌群,如志贺氏菌属(Shigella)、埃希氏菌属(Escherichia)和ε-变形菌纲的微生物种群,揭示网箱养殖对底质沉积物环境的影响较大。
渔业科学进展 , 2018, 39(1):128-. doi:10.11758/yykxjz.20161221001
摘要:通过cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术克隆得到魁蚶(Scapharca broughtonii)C型凝集素(C-type lectin,Sb-Lec1)基因,该基因全长为700 bp,其中,5'-UTR为29 bp,3'-UTR为167 bp,开放阅读框长度为504 bp,编码167个氨基酸,包括长度为23个氨基酸的信号肽序列、129个氨基酸的糖识别结构域(CRD)以及参与二硫键形成的6个半胱氨酸。预测蛋白分子量为19.11 kDa,理论等电点为4.74。多序列比对结果显示,Sb-Lec1基因CRD编码的氨基酸序列与长牡蛎(Crassostrea gigas)、紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)和海湾扇贝(Argopecten irradians)C型凝集素的同源性分别为38%~40%、34%~35%和38%~39%,Sb-Lec1基因编码的氨基酸序列与其他物种的凝集素基因具有相似的结构,均含有形成二硫键的4个保守半胱氨酸。系统进化分析结果显示,魁蚶先与贝类聚为一支,再与脊椎动物聚在一起,表明魁蚶Sb-Lec1基因在进化树上的位置与其传统分类所处位置一致。采用荧光定量PCR技术,检测了Sb-Lec1基因在组织中的表达情况,发现其在肝胰腺、血淋巴、鳃、外套膜、闭壳肌、斧足中均有表达,其中,肝胰腺表达量最高。同时,分析了Sb-Lec1基因在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激下的mRNA表达量变化情况。结果显示,与对照组相比,菌刺激组Sb-Lec1基因mRNA在各检测组织中的表达量均显著上调(P< 0.05),随着刺激时间的延长,表达量呈先升高后降低的趋势。本研究表明,魁蚶Sb-Lec1基因在机体免疫防御方面发挥重要功能。
渔业科学进展 , 2020, 41(3):158-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20190326001
摘要:本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT(Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT基因在不同组织、不同发育时期和不同性别的相对表达量差异。结果显示,与产卵期相比,濒死期的心、肝、胰、鳃、性腺、食道上神经团(除去视腺和视叶后的脑组织)等6个组织的TERT基因表达量呈显著下调趋势,推测与濒死期的器官组织分裂和增殖能力下降有关。TERT基因在金乌贼不同组织中具有明显的组织特异性,说明金乌贼各组织器官的衰老状态并不一致。本研究结果可为深入研究头足类生殖与衰老等生命过程的端粒酶调控机制提供基础数据。
水产学报 , 2015, 39(10):1459-. doi:10.11964/jfc.20141009532
摘要:为研究海月水母有性繁殖的关键过程,采用实验生态学及显微观察的方法研究了光周期、食物条件、机械损伤对其排精诱导的效果,并对其受精及胚胎发育的详细过程进行了研究。结果发现,长光照(14 L:10 D)、饥饿、机械损伤等因素能有效诱导性成熟的海月水母排精;海月水母体内受精过程:雌性海月水母伞缘触手将雄性排出的精子细丝收集到伞缘的食物囊处,通过口腕进入口腕基沟,先后经胃口腕沟、胃循环沟等水管系统到达卵巢,精子与成熟卵子结合完成受精;海月水母受精卵为球形,卵径150 μm左右,胚胎发育过程包括卵裂期、囊胚形成期、囊胚期、原肠胚形成期、原肠胚期及浮浪幼虫期6个时期。受精卵在(22±1) ℃的水温下,经29 h 20 min发育为浮浪幼虫,经过73 h 20 min发育为四触手螅状体。研究为揭示海月水母的暴发机制提供了参考资料。
渔业科学进展 , 2018, 39(4):46-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20180323001
摘要:DNA甲基化在基因表达、细胞衰老、性状分化中发挥重要调控作用,为探讨生长期金乌贼(Sepia esculenta Hoyle)不同性别、不同组织DNA甲基化水平和模式的差异,本研究采用荧光标记的甲基化敏感扩增多态性(Fluorescence-labeled Methylation Sensitive Amplified Polymorphism,F-MSAP)技术,选取12对特异性引物,检测分析了雌、雄金乌贼肌肉、心脏、胰脏和性腺4种组织的基因组DNA甲基化。结果显示,生长期金乌贼基因组DNA总甲基化水平为23.97%~39.70%,在水产无脊椎动物中处于较高水平;金乌贼4种组织中,肌肉的总甲基化水平最高,这可能与金乌贼存在异速生长现象且在生长期运动器官优先发育有关;金乌贼甲基化水平和模式存在性别差异,雌性金乌贼肌肉组织DNA总甲基化水平显著低于雄性,心脏和胰脏组织DNA总甲基化水平却显著高于雄性;此外,雌性金乌贼肌肉组织全甲基化水平对总甲基化水平贡献最大,与之不同的是,雌性其他组织、雄性金乌贼各组织中半甲基化水平和全甲基化水平差异不大,说明金乌贼DNA甲基化的水平和模式具有性别和组织差异。上述结果可为深入研究金乌贼生长发育、组织分化和衰老死亡等生命过程的表观遗传学调控提供基础数据。
中国水产科学 , 2020, 27(5):494-. doi:10.3724/SP.J.1118.2020.19263
摘要:为了探究小分子热休克蛋白基因HSPB1HSPB7HSPB11在松江鲈(Trachidermus fasciatus)应对低盐胁迫过程中的调节作用,本研究基于前期转录组数据,获取3个目标基因的序列信息并进行了系统进化分析,利用实时荧光定量PCR技术检测了3个基因在两种低盐胁迫处理下不同时间点(0 h、12 h、24 h和48 h)在鳃、肠、肾和肝组织中的表达水平。系统进化分析结果表明,HSPB1HSPB7HSPB11基因分别聚类形成独立分支;在各基因分支中,松江鲈与已报道的鲈形目、鲤形目和鳉形目等鱼种共同聚为硬骨鱼类分支。在两种低盐胁迫处理下,3个基因在鳃组织中的表达量均在12 h显著升高,而在肠、肾和肝组织中的表达量则呈现不同的变化趋势。肠组织中,HSPB7HSPB11在盐度渐变低盐胁迫(盐度变化速率1.1/h)下表达量均显著升高,HSPB1表达量在48 h显著降低;盐度骤变低盐胁迫(盐度变化速率27/h)下HSPB1HSPB7表达量在24 h显著升高,HSPB11表达量显著降低。肾组织中,HSPB1HSPB7HSPB11表达量均仅在盐度渐变低盐胁迫24 h显著升高;盐度骤变低盐胁迫下HSPB1表达量显著降低,HSPB7HSPB11表达量则显著升高。肝组织中,HSPB7无表达;HSPB1表达量在盐度渐变低盐胁迫下无显著变化,但在盐度骤变低盐胁迫下则显著升高;HSPB11表达量在两种处理下均显著升高。本研究比较分析了HSPB1HSPB7HSPB11基因在松江鲈应对不同低盐胁迫时表达变化规律的异同,相关结果为探讨小分子热休克蛋白在鱼类应激调节过程中的作用及洄游性鱼类适应盐度变化的分子调控机制提供了理论依据。
中国水产科学 , 2018, 25(4):902-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.18257
摘要:生物多样性与人类存亡休戚相关,保护生物多样性是实现人类社会可持续发展的基础。本文立足我国渔业生物多样性现状,针对我国渔业生物过度开发和保护不足等难题,提出了通过开展渔业生物DNA条形码研究来推动我国渔业生物多样性学科发展的思路,详细阐述了DNA条形码在渔业生物资源可持续开发、物种分类鉴定、生物多样性监测、外来物种评价、水产品市场监管、渔业信息化等多个领域的应用现状,进一步展望了DNA条形码可以成为渔业生物区系研究、水域生态研究、电子分类技术以及宏DNA条形码新技术等多个方面的研究热点,呼吁扎实推进我国渔业生物DNA条形码数据库和信息化平台的建设和共享。
中国水产科学 , 2018, 25(3):503-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.17428
摘要:为了深入了解金乌贼(Sepia esculenta Hoyle)的生殖生理特性,本研究采用解剖学方法及组织切片技术,观察和描述了金乌贼卵巢形态和卵子各个时相结构特征及其变化规律。研究结果表明,金乌贼卵子发生过程的主要特征表现为,卵子成熟之前滤泡细胞一直存在且伴随着其结构变化,滤泡细胞解体与卵黄物质出现同步发生,卵黄物质从无到有再到大量积累直至充满整个卵母细胞,细胞核则随着滤泡细胞内折逐渐发生偏移直至最后消失。研究还发现金乌贼卵巢内卵子发生不同步且形态差异显著,未成熟的卵子粘连在卵巢基质上,依次环布于卵巢基质周围,越靠近中心,卵母细胞发育程度越低;成熟后的卵子游离在卵巢腔中,经过输卵管排出体外。根据卵巢内卵子的大小和形态、滤泡细胞形态及卵黄形成情况,将金乌贼卵子发生分为增殖期(卵原细胞期)、小生长期(无滤泡期,单层滤泡期,双层滤泡期)、大生长期(滤泡内折期,卵黄形成早期,卵黄形成晚期)、成熟期、退化吸收期共5个时期9个时相。卵巢发育分期则是以卵子时相为基础,根据卵巢的外观形态、性腺系数以及切面上优势卵子的时相,把卵巢分为I~VI共6个时期。金乌贼卵巢发育和卵子发生的动态观察与描述,对丰富头足类繁殖生物学理论及提升人工繁殖技术都具有重要意义。
渔业科学进展 , 2016, 37(6):19-. doi:10.11758/yykxjz.20151203001
摘要:本研究将基于线粒体COI部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homo-dimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合。利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%,但鉴定准确率可达100%。因此,基于COI基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键。
中国水产科学 , 2017, 24(3):432-. doi:10.3724/SP.J.1118.2017.16325
摘要:本研究利用线粒体细胞色素b (Cyt b)基因标记对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)6个群体(长岛底播增殖群、海洋岛底播增殖群、獐子岛底播增殖群、旅顺自然群、“獐子红”人工选育群以及日本青森陆奥湾群)进行种质状况评估,研究结果表明,6个群体120个个体的Cyt b基因序列共检测到20种单倍型,其中“獐子红”人工选育群单倍型最少,日本群体单倍型最为丰富,两者单倍型多样性指数分别为0.10000和0.88400。分子方差分析(AMOVA)发现,日本群体与中国群体间变异百分比为15.34%,明显高于作为一个基因池时群体间遗传变异水平;就中国组群而言,其83.41%的遗传变异来自于群体内部,组内群体间的变异只占1.52%,说明中国群体个体间的遗传变异远大于群体间的遗传变异。Fst分析显示,中国群体与日本群体之间发生了中等水平的遗传分化(0.07455~0.17895,Fst>0.05)。以遗传距离矩阵构建群体间分子系统树(UPGMA树),拓扑结构图显示中国5个群体先聚为一支,再与日本群体聚为一支。由此可见,中国养殖区的虾夷扇贝与日本原产地群体间已出现明显的遗传分化,且虾夷扇贝中国群体的遗传多样性处于较低水平。本研究结果可为虾夷扇贝的种质资源保护与可持续开发利用提供理论依据。