水产学报 , 2020, 44(12):1976-. doi:10.11964/jfc.20191112065
摘要:基于线粒体DNA控制区高变区部分序列和4对微卫星标记,对大泷六线鱼放流群体及自然海域群体的遗传多样性与遗传差异进行了比较分析。线粒体DNA控制区序列分析的结果显示,413尾个体共检测到单倍型117种,其中仅Hap_3、Hap_7和Hap_17为共享单倍型,占总单倍型数目的2.5%;放流、野生群体特有单倍型分别为20种和66种,分别占总单倍型数的17.09%和56.41%,放流群体特有单倍型数明显低于野生群体;放流群体和野生群体核苷酸多样性分别为0.005 1~0.006 7和0.005 8~0.007 5,单倍型多样性分别为0.856 7~0.949 9和0.883 1~0.954 9,遗传多样性均较高。微卫星标记分析结果显示,放流、野生群体平均等位基因数(Na)分别为13~44和13~27,平均多态信息含量为0.885 6和0.874 0,均具较高的遗传多态性;群体遗传结构分析结果表明,放流、野生群体间遗传分化水平较低。研究表明,山东近海大泷六线鱼放流群体与野生群体均具有较丰富的遗传多样性,且遗传结构未存在显著的群体分化。
水产学报 , 2020, 44(8):1237-. doi:10.11964/jfc.20190611857
摘要:利用传统形态学、耳石形态学和线粒体DNA(mtDNA)部分片段作为标记方法,研究了斑尾刺虾虎鱼和黄鳍刺虾虎鱼的种间差异。结果显示,两种间的第二背鳍鳍棘数、第二背鳍鳍条数、臀鳍鳍棘数、臀鳍鳍条数和脊椎骨数无交叠现象;量度特征的主成分分析的结果显示,第一主成分的贡献率达到52.101%,主要反映了鱼体体型的比例,其中与躯干后部特征的相关性最高;依据判别函数的综合判别准确率为100%;单因素方差分析显示两种虾虎鱼除吻长、上颌长等头前部指标及与尾部长度相关指标之间的差异不显著外,其余各指标均存在显著性差异。耳石傅立叶分析的结果与量度特征分析的结果类似,主成分分析的结果显示,第一主成分贡献率为12.181%,主要反映了耳石背侧和前后缘的形状特征;依据判别函数的群体综合判别准确率为100%。对两种虾虎鱼线粒体DNA的D-loop、COⅠ、16S rRNA和12S rRNA片段序列进行比较分析,基于K-2P模型计算得到两种虾虎鱼种间遗传距离均显著大于种内遗传距离;以六丝钝尾虾虎鱼作为外群,结合GenBank上下载的刺虾虎鱼属其他种类的同源序列构建的系统树均显示两种虾虎鱼分别聚类,遗传差异显著。
水生生物学报 , 2017, 41(3):603-. doi:10.7541/2017.77
摘要:研究采集了青岛近海23尾路氏双髻鲨(Sphyrna lewini),通过线粒体DNA控制区片段对其遗传多样性进行分析。研究结果显示:在23个个体的控制区序列上存在13个变异位点,未检测到插入/缺失位点;检测到7个单倍型,其中3个为个体共享单倍型(Hap1、Hap3和Hap5),4个为个体独有单倍型;青岛近海路氏双髻鲨呈现中等水平的单倍型多样度和较低的核苷酸多样度;与已报道的日照、霞浦群体间的遗传分化指数Fst值分别为-0.0571和-0.0328,表明青岛群体与其他两个群体间不存在显著差异。以Sphyrna zygaena为外群构建NJ系统树显示本研究中7个单倍型共分成两支,分别与来自太平洋、印度洋的单倍型类群聚类。中国近海的路氏双髻鲨作为一个具有较低遗传多样性的濒危物种,其资源保护更应该引起足够的重视。
水生生物学报 , 2021, 45(1):69-. doi:10.7541/2021.2019.156
摘要:研究旨在利用传统形态学与DNA条形码技术相结合的方法, 进一步探讨中国布氏鲾属Eubleekeria Fowler 1904鱼类的分类与鉴定问题。2014—2016年从广东湛江和广西北海、防城港和东兴近海采集了153尾鲾科鱼类样品, 经形态学鉴定为布氏鲾属种类: 琼斯氏布氏鲾Eubleekeria jonesi (James, 1971)。该种主要鉴别特征为: 眼位于口裂的水平线之上, 颊部无鳞, 两臀鳍之间区域裸露无鳞, 颈部有半圆形裸露无鳞区域, 背鳍上黑斑色淡, 略呈灰色。将其鉴别特征与相关文献记录比较, 表明之前中国大陆记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)可能为琼斯氏布氏鲾。基于线粒体COⅠ基因片段结合GenBank中布氏鲾属鱼类的同源序列, 采用邻接法构建的分子系统树显示, 此研究中采集自中国大陆的布氏鲾属鱼类标本与中国台湾记录的黑边布氏鲾Eubleekeria splendens (Cuvier, 1829)明显地分为两支。基于Kimura双参数模型(K2P)计算, 支系间遗传距离为0.130, 远大于支系内平均遗传距离(0.005和0.006), 支持将二者作为独立物种的观点, 与此研究传统形态学方法的结果一致。
水生生物学报 , 2020, 44(1):50-. doi:10.7541/2020.007
摘要:以曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)为研究对象, 通过绝对定量技术建立和优化了舟山近海高浊度水样环境DNA(Environmental DNA, eDNA)的获取方法。研究结果如下: (1)同体积水样采用乙醇沉淀法获得的eDNA产量是滤膜抽滤法的1.76—2.53 倍, 但在实际应用中由于受到采样体积、处理方式、配套设备的限制, 乙醇沉淀法难以发挥出优势; (2)滤网对泥沙等杂质无过滤作用, 添加滤网并不能过滤掉泥沙及增加抽滤体积; (3)滤膜孔径的大小对少量水样的eDNA产量有很大影响, 但对大体积水样eDNA的产量无影响; (4)水样静置处理有可能会增大eDNA产量, 但也有可能会增大eDNA结果的波动性, 使生物量评估结果误差较大; (5)阳离子表面活性剂对eDNA降解有明显的抑制作用; (6)去膜法效果优于碎膜法, 建议使用去膜法进行eDNA消化, 使用时增加离心时间; (7)酚抽除沙法虽然不能提高eDNA产量, 但能明显提高产物纯度。研究首次建立了舟山近海水样大生物eDNA最适获取方法, 为相似水域的水样采集及eDNA提取提供了借鉴参考。
中国水产科学 , 2016, 23(5):1108-. doi:10.3724/SP.J.1118.2016.16082
摘要:为解决我国棱梭(原定名为Liza carinata)命名的问题,本研究采集了中国近海7个地理群体的棱梭样品,并进行形态特征分析和DNA条形码研究。形态学研究结果显示,中国近海棱梭样品的胸鳍长度/体长、头长/体长的比值分别为15.0%~18.3%、22.5%~25.1%,与前人记录的Liza affinis的胸鳍长度/体长(14.5%~18.4%)、头长/体长比值(22.1%~26.9%)相吻合,而与Liza carinata胸鳍长度/体长(19.8%~23.9%)、头长/体长比值(27.0%~31.3%)范围不相符。DNA条形码分析结果表明,GenBank中Liza carinataLiza affinis的COI基因同源序列遗传距离为13.11%,而本研究所采集样品种内差异为0.08%。NJ邻接关系树显示,本研究所使用样品与Liza affinis聚为一支,遗传距离为0.08%,而与Liza carinata的遗传距离为13.06%,已达到种以上水平。综上,本研究认为中国近海棱梭的拉丁名应为Liza affinis,我国近海是否存在真正的Liza carinata尚需进一步研究。
水产学报 , 2017, 41(10):1521-. doi:10.11964/jfc.20160510409
摘要:为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h<0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗传差异较小。群体历史动态分析显示,中国乌鳢所有群体有效种群数量在中更新世晚期到晚更新世0.222—0.050百万年出现了一次较明显的快速增长,之后在晚更新世末次冰期0.050—0.010百万年出现了有效种群下降,伴随着全新世到来,在0.010百万年之后,乌鳢群体又发生了一次较小的有效种群增长。洞庭湖群体则发生一次有效种群的快速增长,增长时间大约在0.160百万年。研究表明,青藏高原隆起后,东亚季风在中国南北方气候的差异和秦岭山脉屏障对季风的阻断作用加大了这一差异,可能对乌鳢群体的遗传多样度差异造成一定影响。乌鳢群体不存在显著的谱系结构可能与乌鳢遗传分化时间较短有关,但是地理隔离等因素导致了不同水系间确切的遗传差异。第四纪更新世气候的波动,尤其是中更新世间冰期气候的转暖、末次盛冰期的降温和冰后期全新世的到来可能对乌鳢群体的数量和栖息地的扩缩起着重要影响。
水产学报 , 2020, 44(5):715-. doi:10.11964/jfc.20190411734
摘要:物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12~0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4~0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500~105 000和67 600~135 200年前。
水产学报 , 2014, 38(1):41-. doi:10.3724/SP.J.1231.2014.48790
摘要:香鱼是分布于中国、日本和朝鲜的一种珍稀名贵经济鱼类,本实验比较分析了香鱼养殖和野生群体的遗传多样性。研究结果显示,在长度为445 bp的控制区部分序列上,鳌山卫养殖群体的单倍型多样度h(0.198 4±0.092 4)和核苷酸多样度π(0.000 8±0.000 9)显著低于东张水库野生群体(h=0.810 5±0.067;π=0.002 6±0.002 0),两群体产生了较大的遗传分化(Fst=0.447,P=0);单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构,日本香鱼个体与中国香鱼亲缘关系较远;东张群体的历史动态分析结果表明其可能经历过近期的群体扩张事件。无论是养殖群体还是野生群体,中国香鱼群体的遗传多样性现状不容乐观。