渔业科学进展 , 2014, 35(4):13-. doi:10.11758/yykxjz.20140403
摘要:通过构建16S rDNA克隆文库对象山港南沙岛不同养殖模式(贝类养殖、藻类养殖及网箱养殖)表层沉积物微生物多样性和群落结构特征进行了比较和分析,共获取136个OUT。其中,贝类养殖区、藻类养殖区和网箱养殖区OTU分别为58、48和57个。各站位OTU分布差异明显,表现出高度的多样性。基于16S rDNA序列的生物多样性和丰富度分析表明,网箱养殖区丰富度指数ACE为739,香浓指数H'为3.8,均为最高值,丰富度指数Chao为245,略低于于贝类养殖区。贝类养殖区丰富度指数Chao为303,在各养殖区中最高。藻类养殖区丰富度指数ACE为174、Chao为89,香浓指数H'为3.6,均为最低值。系统发育分析表明,南沙岛各养殖区的优势种群均为变形菌门(Proteobacteria),但是藻类养殖区微生物群落结构与其他养殖区域相比,16S rDNA克隆文库差异显著,其中根瘤菌属(Rhizobium)及其他光合细菌在藻类养殖区分布较多。网箱养殖区沉积物表层微生物群落中出现了与环境污染密切相关的菌群,如志贺氏菌属(Shigella)、埃希氏菌属(Escherichia)和ε-变形菌纲的微生物种群,揭示网箱养殖对底质沉积物环境的影响较大。
渔业科学进展 , 2014, 35(1):82-. doi:
摘要:对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P. amurensis、焦河蓝蛤P. ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula 4个野生种共40个个体的线粒体COI 和16S rRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650 bp和450 bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16S rRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。
渔业科学进展 , 2018, 39(4):147-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20170423001
摘要:以魁蚶(Scapharca broughtonii)中国群体(C)和韩国群体(K)为材料,进行了4个组合的杂交和自交实验,测定了各实验组魁蚶在养成期(10~15月龄)的壳长、湿重,并计算了杂交组合的杂种优势。结果显示,养成期杂交KC组壳长显著高于自交CC组、KK组和杂交CK组,CK组壳长杂种优势率在–2.03%~5.44%之间,KC组壳长杂种优势率在4.40%~14.74%之间,且KC组壳长杂种优势率始终高于CK组;养成期杂交KC组湿重始终显著高于自交CC、KK组和杂交CK组,而杂交CK组仅在14、15月龄显著高于自交CC和KK组,2个杂交组合湿重的杂种优势率始终为正值,CK组湿重杂种优势率在1.41%~7.71%之间,KC组壳长杂种优势率在5.32%~23.71%之间,且KC组湿重的杂种优势率始终高于CK组,在湿重性状方面杂种优势更明显。综合分析表明,杂交KC组的杂交子一代在壳长和湿重方面的杂种优势更加明显,是理想的育种材料。
中国水产科学 , 2018, 25(4):880-. doi:10.3724/SP.J.1118.2018.17358
摘要:DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从GenBank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据“10倍法则”和“2%”阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S rRNA能够鉴定60.9%,18S rRNA鉴定16.7%,而28S rRNA无法有效鉴定;多数种COI和16S rRNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在“条形码间隙”,而18S rRNA和28S rRNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显“条形码间隙”;聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S rRNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S rRNA和28S rRNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S rRNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S rRNA和28S rRNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。
渔业科学进展 , 2018, 39(5):27-. doi:10.19663/j.issn2095-9869.20170814001
摘要:使用mtDNA作为分子标记,基于1022 bp和1322 bp左右的部分序列分析刀鲚(Coilia nasus)、湖鲚(C.nasus taihuensis)、七丝鲚(C.grayii)及凤鲚(C.mystus)成鱼之间的遗传关系。结果显示,刀鲚和湖鲚间的遗传距离分别为0.0036±0.0008和0.0038±0.0008,凤鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.1215±0.0111、0.1228±0.0111(Cytb)和0.1075±0.0108、0.1067±0.0107(D-loop),七丝鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.0342±0.0056、0.0351±0.0057(Cyt b)和0.0527±0.0069、0.0529±0.0070(D-loop),七丝鲚和凤鲚间的遗传距离分别为0.1158±0.0111和0.1123±0.0111。用Kimura双参数模型构建的2种序列的NJ分子系统树均显示,湖鲚和刀鲚不能形成独立的分支,而是混合聚在一起形成1个分支;七丝鲚和凤鲚则形成另外2个分支。首先根据采样点不同可初步断定未知仔幼鱼为刀鲚,稚鱼为湖鲚,而后对未知种仔幼鱼、稚鱼和刀、凤鲚鱼卵的2种序列的分析发现,不同采集点内部的这些早期生活个体间的遗传距离分别为0.0024~0.0032和0.0025~0.0082。在Kimura双参数模型构建的NJ分子系统树中,未知种仔幼鱼、稚鱼、刀鲚鱼卵与刀鲚、湖鲚聚为一类,凤鲚鱼卵与凤鲚聚为一支。由此可见,Cyt b基因序列和D-loop序列作为分子标记,虽然可以区分刀鲚、凤鲚以及七丝鲚的仔幼、稚鱼及鱼卵,但不能有效区分湖鲚和刀鲚的早期生活个体。