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2018, 23(2): 91-98.

杂色鲍幼虫变态及TR干扰下内参基因的筛选

1. 集美大学水产学院, 福建 厦门 361021;

2. 农业部东海海水健康养殖重点实验室, 福建 厦门 361021

收稿日期:2017-09-07
修回日期:2017-10-26

基金项目:   国家自然科学基金项目(41006105,41176152,3170130721);福建省自然科学基金项目(2015J01142,2016J01163);福建省高校新世纪优秀人才支持计划项目(B15138);青岛海洋科学与技术国家实验室开放基金项目(OF2015NO11) 

关键词: 杂色鲍 , 内参基因 , 稳定性

The Stability Comparison of Reference Genes in Metamorphosis and TR RNAi of Haliotis diversicolor Larvae

1. Fisheries College, Jimei University, Xiamen 361021, China;

2. Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Xiamen 361021, China

Received Date:2017-09-07
Accepted Date:2017-10-26

Keywords: Haliotis diversicolor , reference gene , stability

摘要

内参基因的稳定性对实时定量PCR的结果影响巨大。采用GeNorm、normFinder和RefFinder三款软件比较了鲍变态和干扰幼虫甲状腺激素受体(TR)两种情况下内参基因的稳定性。软件分析了EIF5AOAZ1YB1RPL3RPS9ACT等6个候选内参基因的Ct值,据此获得各基因的稳定值。在杂色鲍幼虫的变态过程中,EIF5A稳定性最高,排名平均数为1,表明该基因可以作为这一阶段实时定量PCR的内参基因,但是在干扰TR情况下,EIF5A的稳定性下降,排名平均数为3.91。RPS9则与之相反,在变态过程该基因表达稳定性最差,而在干扰TR时表达稳定性最好。ACT在两种情况下稳定性较好,排名平均数均位列第二位,可以作为这两种情况下的通用内参基因。其他基因的稳定性在这两种情况下也发生剧烈变换。这表明内参基因的稳定与样品具体处理情况关系密切。为了保证定量PCR结果的准确性,需要针对具体处理情况相应地进行内参基因的稳定性评估。

内参基因的稳定性对实时定量PCR的结果影响巨大。采用GeNorm、normFinder和RefFinder三款软件比较了鲍变态和干扰幼虫甲状腺激素受体(TR)两种情况下内参基因的稳定性。软件分析了EIF5AOAZ1YB1RPL3RPS9ACT等6个候选内参基因的Ct值,据此获得各基因的稳定值。在杂色鲍幼虫的变态过程中,EIF5A稳定性最高,排名平均数为1,表明该基因可以作为这一阶段实时定量PCR的内参基因,但是在干扰TR情况下,EIF5A的稳定性下降,排名平均数为3.91。RPS9则与之相反,在变态过程该基因表达稳定性最差,而在干扰TR时表达稳定性最好。ACT在两种情况下稳定性较好,排名平均数均位列第二位,可以作为这两种情况下的通用内参基因。其他基因的稳定性在这两种情况下也发生剧烈变换。这表明内参基因的稳定与样品具体处理情况关系密切。为了保证定量PCR结果的准确性,需要针对具体处理情况相应地进行内参基因的稳定性评估。

参考文献

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